WikiDer > AceDB

AceDB

AceDB a biologik ma'lumotlar bazasi genomik ma'lumotlar bilan ishlash uchun. U tomonidan ishlab chiqilgan Richard M. Durbin va Jan Thierry-Mie 1989 yilda.[1] AceDB so'zi C. elegans ma'lumotlar bazasi. Dastlab AceDB nematod qurti uchun maxsus ma'lumotlar bazasi sifatida yaratilgan bo'lsa-da, u boshqa turlar uchun ma'lumot saqlash uchun ishlatilgan ma'lumotlar bazasi dasturiy ta'minotini ham anglatadi. O'zining veb-saytiga ko'ra, AceDB moslashuvchanlikni hisobga olgan holda nostandart ma'lumotlar modeli bilan maxsus ma'lumotlar bazasi yadrosini taqdim etadi. Masalan, organizm uchun AceDB misoli mavjud Pristionchus pacificus AppaDB deb nomlangan.[2] Uchun AceDB funktsional imkoniyatlarining katta qismi C. elegans orqali mavjud bo'lgan WormBase ma'lumotlar bazasi.[3]

Xususiyatlari:

  • genomik ma'lumotlar uchun ko'plab o'ziga xos displeylar va vositalarga ega grafik foydalanuvchi interfeysi
  • ochiq manbali dasturiy ta'minot
  • ma'lumotlar bazasiga istalgan joydan kirishga imkon beruvchi oddiy veb-brauzer interfeysini amalga oshiradigan to'plam
  • Perl, Java va CORBA bilan osonlikcha interfeyslar
  • Qiyosiy genomni tahlil qilish vositalari, shu jumladan Oksford Grid, Juft xromosomalar xaritasi, Bittadan xromosomalar xaritasi, Turlar panjarasi, Translokatsiya panjarasi
  • filogenetik ma'lumotlar bilan ishlash qobiliyati
  • [Cmap | http: //soybeanbreederstoolbox.org/] kabi tashqi dasturlarga osongina ulanadi.
  • ma'lumotlar bazasi fayllarining mahalliy nusxasi bilan X-Windows-dan foydalangan holda Unix operatsion tizimi ostida ishlash uchun ishlab chiqilgan

AceDB-da rivojlanish to'xtatilganga o'xshaydi, chunki interfeys hanuzgacha eski texnologiyalardan foydalanmoqda va dastlab uni ishlatgan ko'plab saytlar yangi dasturiy ta'minotga o'tdi.

Siz o'z veb-saytida dasturiy ta'minotning qo'shimcha ekran tasvirini ko'rishingiz mumkin Tezkor qo'llanma.

Ko'p ketma-ketlikni tekislashni ko'rish

Adabiyotlar

  1. ^ Eeckman FH, Durbin R (1995). "ACeDB va macace". Hujayra biol usullari. 48: 583–605. doi:10.1016 / s0091-679x (08) 61405-3. PMID 8531744.
  2. ^ Srinivasan J, Otto GW, Kahlow U, Geyzler R, Sommer RJ (2004 yil yanvar). "AppaDB: Pristionchus pacificus nematod sun'iy yo'ldosh organizmi uchun AcedB ma'lumotlar bazasi". Nuklein kislotalari rez. 32 (Ma'lumotlar bazasi muammosi): D421-2. doi:10.1093 / nar / gkh057. PMC 308791. PMID 14681447.
  3. ^ Stein L, Sternberg P, Durbin R, Thierry-Mieg J, Spieth J (yanvar 2001). "WormBase: Caenorhabditis elegans genomiga va biologiyasiga tarmoqqa kirish". Nuklein kislotalari rez. 29 (1): 82–6. doi:10.1093 / nar / 29.1.82. PMC 29781. PMID 11125056.

Tashqi havolalar