WikiDer > C19orf44

C19orf44
C19orf44
Identifikatorlar
TaxalluslarC19orf44, xromosoma 19 ochiq o'qish doirasi 44, xromosoma 19 ochiq o'qish doirasi 44
Tashqi identifikatorlarMGI: 1919504 HomoloGene: 12975 Generkartalar: C19orf44
Gen joylashuvi (odam)
Xromosoma 19 (odam)
Chr.Xromosoma 19 (odam)[1]
Xromosoma 19 (odam)
C19orf44 uchun genomik joylashuv
C19orf44 uchun genomik joylashuv
Band19p13.11Boshlang16,496,394 bp[1]
Oxiri16,521,352 bp[1]
Ortologlar
TurlarInsonSichqoncha
Entrez

84167

72254

Ansambl

ENSG00000105072

ENSMUSG00000052794

UniProt

Q9H6X5

Q922C1

RefSeq (mRNA)

NM_001288834
NM_032207

NM_028170

RefSeq (oqsil)

NP_001275763
NP_115583

NP_082446

Joylashuv (UCSC)Chr 19: 16.5 - 16.52 MbChr 8: 72.44 - 72.46 Mb
PubMed qidirmoq[3][4]
Vikidata
Insonni ko'rish / tahrirlashSichqonchani ko'rish / tahrirlash

Xromosoma 19 ochiq o'qish doirasi 44 a oqsil odamlarda C19orf44 tomonidan kodlangan gen.[5] C19orf44 - odamlarda noma'lum funktsiyaga ega bo'lgan xarakterli bo'lmagan oqsil. C19orf44 oqsil (va gen) insondan tashqari boshqa turlarda ham mavjudligini anglatadi. Protein noma'lum funktsiyalarning bitta sohasini o'z ichiga oladi (DUF) bu uning ortologlari davomida yuqori darajada saqlanib qolgan. Ushbu protein moyak va tuxumdonda eng yuqori darajada namoyon bo'ladi,[6] ammo qalqonsimon va paratiroidda ham muhim ifodaga ega.[7] Ushbu oqsilning boshqa nomlariga quyidagilar kiradi: LOC84167.[8]

Gen

Butun gen 25416 tani tashkil qiladi tayanch juftliklari uzunligi,[9] va ishlov berilmagan mRNA ya'ni 3,446 nukleotidlar uzunligi bo'yicha.[6] Uning tarkibida 10 ta exons bu kod 657 uchun aminokislota oqsil. 7 bor qo'shilish variantlari C19orf44 uchun mavjud.[10]

Lokus

C19orf44 o'n to'qqizinchi kuni joylashgan xromosoma 19p13.11 da.[6]

19-xromosomadagi C19orf44-ning joylashishi. GeneCards-dan olingan rasm.[11]

Oqsil

Birlamchi ketma-ketlik

C19orf44-da a molekulyar og'irlik 71,343 Da dan,[11] va izoelektrik nuqta 5.52 dan.[12] C19orf44 uchun aminokislotalar ketma-ketligi vositalar yordamida seringa boy ekanligi aniqlandi EMBL-EBI.[13] Bundan tashqari, 474 dan 641 gacha aminokislotadan noma'lum funktsiya sohasi (DUF) mavjud.[14]

Tarjimadan keyingi modifikatsiyalar

C19orf44 eksperimental ravishda S114 va S213 pozitsiyalarida fosforillanish joylarini aniqladi.[14] Translatilatsiyadan keyingi bashorat qilingan boshqa o'zgartirishlar vositalar yordamida topildi ExPASy[15] va quyidagi protein rasmida ko'rsatilgan. N-terminalli atsetilatsiya S3 da prognoz qilingan. Bashorat qilingan narsa ham bor sumoylyatsiya 212 dan 221 gacha aminokislotadan motif.

C19orf44 oqsilini va uning taxmin qilingan xususiyatlarini aks ettiruvchi multfilm tasviri. The CUCKOO WorkGroup dasturidagi DOG dasturi yordamida yaratilgan rasm.[16]

Mahalliylashtirish

C19orf44 ning mahalliylashtirilishi taxmin qilinmoqda yadro yoki sitozol.[17]

Ifoda

C19orf44 NCBI ning EST profilida ko'rsatilgandek, tanadagi turli to'qimalarda past darajada ifoda etilgan.[18] Bu moyak va tuxumdonda eng yuqori darajada ifodalangan,[6] ammo qalqonsimon va paratiroidda ham muhim ifodaga ega.[7] C19orf44 rivojlanishning barcha bosqichlarida namoyon bo'ladi, faqat chaqaloqlardan tashqari. Rivojlanayotgan homilada C19orf44 ning ko'payishi kuzatiladi.[18]

Gomologiya va evolyutsiya

Ortologlar

Ortologlar C19orf44 ning ko'pchilik sutemizuvchilardan va bir nechta tanlangan boshqa umurtqali va umurtqasiz hayvonlardan topilgan. Bir nechta ketma-ketlikni tekislash ClustalW yordamida[19] C19orf44-dagi DUF o'zining ortologlarida yuqori darajada saqlanib qolganligini tasdiqlovchi dalillar keltirdi. Quyidagi jadval yordamida topilgan ortologlarning kichik tanlovi keltirilgan NCBI portlashi.[20]

C19orf44 muhim ortologlar[6]
Tur va turlarUmumiy ismKirish raqami (NCBIdan[21])Turli xillik (MYA)[22]Tartib identifikatori (%)[23]
Rhinopithecus roxellanaOltin burunli maymunXP_010359783.12986.9
Orcinus orcaQotil kitXP_004277754.19683.2
Sus skrofaYovvoyi cho'chqaXP_005661251.29660.1
Monodelphis domesticaOpossumXP_007489796.115945.5
Chelonia mydasYashil dengiz toshbaqasiXP_007072179.131235.2
Astyanax meksikanusiMeksikalik TetraXP_007246256.243528.2
Mizuhopecten yessoensisChig'anoqXP_021343742.179724.4

Paraloglar

Yo'q paraloglar C19orf44 uchun Homo sapiens.

O'zaro ta'sir qiluvchi oqsillar

C19orf44 ning turli xil oqsillar bilan o'zaro aloqasi borligi aniqlandi ikki gibrid skrining usul. Hsp90 ko-chaperone bilan o'zaro aloqalar (CDC37),[24] va spermatid bog'liq protein (SPERT)[25] topildi.

Adabiyotlar

  1. ^ a b v GRCh38: Ensembl relizi 89: ENSG00000105072 - Ansambl, 2017 yil may
  2. ^ a b v GRCm38: Ensembl relizi 89: ENSMUSG00000052794 - Ansambl, 2017 yil may
  3. ^ "Human PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
  4. ^ "Sichqoncha PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
  5. ^ "Entrez Gen: Xromosoma 19 ochiq o'qish doirasi 44". Olingan 2018-05-06.
  6. ^ a b v d e "C19orf44 19 xromosomasi ochiq o'qish doirasi 44 [Homo sapiens (odam)] - Gen - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2018-02-05.
  7. ^ a b "C19orf44 to'qimalarining ifodasi - Xulosa - Odamdagi oqsil atlasi". www.proteinatlas.org. Olingan 2018-05-06.
  8. ^ [email protected], Danielle Thierry-Mieg va Jean Thierry-Mieg, NCBI / NLM / NIH. "AceView: Gen: C19orf44, mRNA yoki ESTsAceView bilan inson, sichqoncha va qurtlar genlarining keng izohlanishi". www.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2018-02-05.
  9. ^ "Homo sapiens xromosomasi 19 ochiq o'qish doirasi 44 (C19orf44), transkripsiyasi - Nukleotid - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2018-02-05.
  10. ^ "C19orf44 - Aceview-ga kirish". NCBI. Olingan 2018-04-17.
  11. ^ a b Ma'lumotlar bazasi, GeneCards Inson geni. "C19orf44 Gen - GeneCards | CS044 Protein | CS044 Antikor". www.genecards.org. Olingan 2018-02-17.
  12. ^ "ExPASy - hisoblash pI / Mw vositasi". web.expasy.org. Olingan 2018-05-06.
  13. ^ EMBL-EBI. "SAPS . www.ebi.ac.uk. Olingan 2018-05-06.
  14. ^ a b "xarakterlanmagan oqsil C19orf44 izoform 1 [Homo sapiens] - oqsil - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2018-02-17.
  15. ^ "ExPASy: SIB Bioinformatics Resurs Portali - Bosh sahifa". www.expasy.org. Olingan 2018-05-06.
  16. ^ Liu V, Xie Y, Ma J, Luo X, Nie P, Zuo Z, Lahrmann U, Zhao Q, Zheng Y, Zhao Y, Xue Y, Ren J (oktyabr 2015). "IBS: biologik ketma-ketliklar namoyishi va vizualizatsiyasi uchun illyustrator". Bioinformatika. 31 (20): 3359–61. doi:10.1093 / bioinformatika / btv362. PMC 4595897. PMID 26069263.
  17. ^ Horton P, Nakai K (1997). "Eng yaqin qo'shnilar klassifikatori bilan oqsil hujayralarining lokalizatsiya joylarini yaxshiroq taxmin qilish". Ish yuritish. Molekulyar biologiya uchun aqlli tizimlar bo'yicha xalqaro konferentsiya. 5: 147–52. PMID 9322029.
  18. ^ a b Guruh, Shuler. "EST profili - Hs.631627". www.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2018-05-06.
  19. ^ "Ko'p ketma-ketlikni tekislash - CLUSTALW". www.genome.jp. Olingan 2018-05-06.
  20. ^ "BLAST: Mahalliy tekislash bo'yicha asosiy qidiruv vositasi". blast.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2018-05-06.
  21. ^ "Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi". www.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2018-05-06.
  22. ^ "TimeTree :: Hayotiy vaqt jadvali". www.timetree.org. Olingan 2018-02-25.
  23. ^ "Ko'p ketma-ketlikni tekislash - CLUSTALW". www.genome.jp. Olingan 2018-02-25.
  24. ^ Vinayagam A, Stelzl U, Foul R, Plassmann S, Zenkner M, Timm J, Assmus XE, Andrade-Navarro MA, Vanker EE (sentyabr 2011). "Hujayra ichidagi signal o'tkazilishini tekshirish uchun yo'naltirilgan oqsil ta'sir o'tkazish tarmog'i". Ilmiy signalizatsiya. 4 (189): rs8. doi:10.1126 / scisignal.2001699. PMID 21900206. S2CID 7418133.
  25. ^ Rolland T, Taşan M, Charloteaux B, Pevzner SJ, Zhong Q, Sahni N va boshq. (2014 yil noyabr). "Odamlarning interaktomalar tarmog'ining proteom miqyosli xaritasi". Hujayra. 159 (5): 1212–1226. doi:10.1016 / j.cell.2014.10.050. PMC 4266588. PMID 25416956.