WikiDer > Nuklein kislotani simulyatsiya qilish dasturini taqqoslash
Comparison of nucleic acid simulation software
Bu ishlatiladigan kompyuter dasturlarining ro'yxati nuklein kislotalar simulyatsiyalar.
- Min - Optimallashtirish
- MD - Molekulyar dinamikasi
- MC - Monte-Karlo
- REM - Replikatsiya almashinuvi usul
- Crt - Dekart koordinatalari
- Int - Ichki koordinatalar
- Muddati - Aniq suv
- Imp - Yashirin suv
- Lig - Ligand o'zaro ta'sirlar
- GPU - Uskuna tezlashtirildi
| Ism | 3D-ni ko'rish | Model qurish | Min | Tibbiyot fanlari doktori | MC | REM | Crt | Int | Muddati | Imp | Lig | GPU | Izohlar | Litsenziya | Veb-sayt |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Abalone | Ha | Ha | Ha | Ha | Ha | Ha | Ha | Yo'q | Ha | Ha | Ha | Ha | DNK, oqsillar, ligandlar | Ozod | Chaqqon molekula |
| AMBER[1] | Yo'q | Ha | Ha | Ha | Yo'q | Ha | Ha | Yo'q | Ha | Ha | Ha | Ha[2] | AMBER kuch maydoni | Mulkiy | ambermd.org |
| Ascalaph Designer | Ha | Ha | Ha | Ha | Yo'q | Yo'q | Ha | Yo'q | Ha | Ha | Ha | Yo'q | AMBER | Ozod, GPL | biomolekulyar modellashtirish.com |
| CHARMM | Yo'q | Ha | Ha | Ha | Ha | Yo'q | Ha | Yo'q | Ha | Ha | Ha | Yo'q | CHARMM kuch maydoni | Mulkiy | charmm.org |
| CP2K | Yo'q | Yo'q | Ha | Ha | Ha | Ha | Ha | Yo'q | Ha | Yo'q | Yo'q | Ha | Ozod, GPL | cp2k.org | |
| Forecaster (o'rnatilgan)[3] | Ha | Yo'q | Ha | Yo'q | Yo'q | Yo'q | Ha | Yo'q | Ha | Yo'q | Ha | Yo'q | Nuklein kislotalarga ulanadigan kichik molekula suv bilan joylashadi | Akademiya uchun bepul, Mulkiy | Molekulyar Forecaster |
| HyperChem | Ha | Ha | Ha | Ha | Ha | Yo'q | Ha | Yo'q | Ha | Ha | Ha | Yo'q | ba'zi kuch maydonlari | Mulkiy | Hypercube, Inc. |
| ICM[4] | Ha | Ha | Ha | Yo'q | Ha | Yo'q | Yo'q | Ha | Yo'q | Ha | Yo'q | Yo'q | Global optimallashtirish | Mulkiy | Molsoft |
| JUMNA[5] | Yo'q | Ha | Ha | Yo'q | Yo'q | Yo'q | Yo'q | Ha | Yo'q | Ha | Yo'q | Yo'q | Mulkiy | ||
| MDynaMix[6] | Ha | Ha | Yo'q | Ha | Yo'q | Yo'q | Ha | Yo'q | Ha | Yo'q | Ha | Yo'q | Umumiy tibbiyot fanlari doktori | Ozod, GPL | Stokgolm universiteti |
| Molekulyar ish muhiti (MO) | Ha | Ha | Ha | Ha | Yo'q | Yo'q | Ha | Yo'q | Ha | Yo'q | Ha | Yo'q | Mulkiy | Kimyoviy hisoblash guruhi | |
| Nuklein kislotasi yaratuvchisi (NAB)[7] | Yo'q | Ha | Yo'q | Yo'q | Yo'q | Yo'q | Yo'q | Yo'q | Yo'q | Yo'q | Yo'q | Yo'q | G'ayrioddiy DNK, RNK uchun modellar yaratadi | Ozod, GPL | Nyu-Jersi universiteti |
| NAnoscale molekulyar dinamikasi (NAMD) | Ha | Yo'q | Ha | Ha | Yo'q | Yo'q | Ha | Yo'q | Ha | Yo'q | Ha | Ha | Tez, parallel MD, CUDA | Ozod | Illinoys universiteti |
| oxDNA[8] | Ha | Ha | Ha | Ha | Ha | Ha | Ha | Yo'q | Yo'q | Ha | Yo'q | Ha | DNK, RNKning qo'pol donali modellari | Ozod, GPL | dna.fizika.ox.ac.ukLAMMPS USER-CGDNA |
| QRNAS [9] | Yo'q | Yo'q | Ha | Yo'q | Yo'q | Yo'q | Ha | Yo'q | Yo'q | Ha | Yo'q | Yo'q | Ning modellarini yuqori aniqlikda takomillashtirish RNK, DNK va duragaylar foydalanadi AMBER kuch maydoni . | Ozod, GPL | Genesiliko Github |
| SimRNA[10] | Ha | Ha | Yo'q | Yo'q | Ha | Ha | Ha | Ha | Yo'q | Ha | Yo'q | Yo'q | RNKni qo'pol taneli modellashtirish | Akademik uchun bepul, Mulkiy | Genesiliko |
| SimRNAweb[11] | Ha | Ha | Yo'q | Yo'q | Ha | Ha | Ha | Ha | Yo'q | Ha | Yo'q | Yo'q | RNKni qo'pol taneli modellashtirish | Ozod | Genesiliko |
| YASARA | Ha | Ha | Ha | Ha | Yo'q | Yo'q | Ha | Yo'q | Ha | Yo'q | Ha | Yo'q | Interaktiv simulyatsiyalar | Mulkiy | www.YASARA.org |
Shuningdek qarang
- Nuklein kislota tuzilishini bashorat qilish
- Molekulyar modellashtirish
- Grafik protsessorlarda molekulyar modellashtirish
- Molekulyar grafikalar
- Molekulyar mexanika
- Molekulyar dinamikasi
- Molekulyar dizayn dasturi
- Molekula muharriri
- Kvant kimyosi kompyuter dasturlari
- Molekulyar grafik tizimlar ro'yxati
- Protein tuzilishini bashorat qilish dasturi ro'yxati
- Ketma-ketlikni tekislash uchun dasturiy ta'minot ro'yxati
- Genlarni bashorat qilish dasturlari ro'yxati
- RNK tuzilishini bashorat qilish dasturi ro'yxati
- Molekulyar mexanikani modellashtirish uchun dasturiy ta'minotni taqqoslash
- Monte-Karlo molekulyar modellashtirish uchun dasturiy ta'minot ro'yxati
- Nanostrukturalarni modellashtirish uchun dasturiy ta'minot ro'yxati
- Majburiy maydon
- Kuch kuchini amalga oshirishni taqqoslash
Adabiyotlar
- ^ Kornell V.D.; Cieplak P.; Bayli C.I .; Gould I.R .; Merz K.M., kichik; Ferguson D.M.; Spellmeyer DC; Fox T.; Kolduell J.V .; Kollman P.A. (1995). "Proteinlar, nuklein kislotalar va organik molekulalarni simulyatsiya qilish uchun ikkinchi avlod kuchlari maydoni". J. Am. Kimyoviy. Soc. 117 (19): 5179–5197. CiteSeerX 10.1.1.323.4450. doi:10.1021 / ja00124a002.
- ^ http://ambermd.org/GPUSupport.php
- ^ Vey, Vanli; Luo, Tszaying; Valdispul, Jerom; Moitessier, Nikolas (2019 yil 24-iyun). "Nuklein kislotasi-ligand komplekslarida ko'prikli suv molekulalarining holatini taxmin qilish". Kimyoviy ma'lumot va modellashtirish jurnali. 59 (6): 2941–2951. doi:10.1021 / acs.jcim.9b00163. ISSN 1549-960X. PMID 30998377.
- ^ Abagyan R.A., Totrov M.M. & Kuznetsov D.A. (1994). "Icm: Proteinlarni modellashtirish va loyihalashning yangi usuli: Docking uchun qo'llanmalar va buzilgan mahalliy konformatsiyadan tuzilmani bashorat qilish". J. Komput. Kimyoviy. 15 (5): 488–506. doi:10.1002 / jcc.540150503.
- ^ Lavery, R., Zakrzewska, K. va Sklenar, H. (1995). "JUMNA: nuklein kislotalarning birikma minimallashishi". Hisoblash. Fizika. Kommunal. 91 (1–3): 135–158. Bibcode:1995CoPhC..91..135L. doi:10.1016 / 0010-4655 (95) 00046-I.CS1 maint: bir nechta ism: mualliflar ro'yxati (havola)
- ^ A.P.Lyubartsev, A.Laaksonen (2000). "MDynaMix - o'zboshimchalik bilan molekulyar aralashmalar uchun ölçeklenebilir portativ parallel MD simulyatsiya to'plami". Kompyuter fizikasi aloqalari. 128 (3): 565–589. Bibcode:2000CoPhC.128..565L. doi:10.1016 / S0010-4655 (99) 00529-9.
- ^ Macke T. & Case D.A. (1998). "G'ayrioddiy nuklein kislota tuzilmalarini modellashtirish". Nuklein kislotalarni molekulyar modellashtirish: 379–393.
- ^ Petr Shulc; Flavio Romano; Tomas E. Ouldrij; Lorenzo Rovigatti; Jonathan P. K. Doye; Ard A. Lui (2012). "Dag'al DNK modelining ketma-ketlikka bog'liq termodinamikasi". J. Chem. Fizika. 137 (13): 135101. arXiv:1207.3391. Bibcode:2012JChPh.137m5101S. doi:10.1063/1.4754132. PMID 23039613.
- ^ Stasevich, Yulius; Mukherji, Sunandan; Nitin, Chandran; Bujnicki, Yanusz M. (2019-03-21). "QRNAS: nuklein kislota tuzilmalarini takomillashtirish uchun dasturiy ta'minot". BMC Strukturaviy Biologiya. 19 (1): 5. doi:10.1186 / s12900-019-0103-1. ISSN 1472-6807. PMC 6429776. PMID 30898165.
- ^ Boniecki, Mixal J.; Lax, Grzegorz; Douson, Ueyn K.; Tomala, Konrad; Lukas, Pavel; Soltysinski, Tomasz; Rother, Kristian M.; Bujnicki, Yanusz M. (2015-12-19). "SimRNA: RNK katlamali simulyatsiyalar va 3D tuzilishni bashorat qilish uchun qo'pol taneli usul". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 44 (7): e63. doi:10.1093 / nar / gkv1479. ISSN 0305-1048. PMC 4838351. PMID 26687716.
- ^ Magnus, Markin; Boniecki, Mixal J.; Douson, Ueyn; Bujnicki, Yanusz M. (2016-04-19). "SimRNAweb: ixtiyoriy cheklovlar bilan RNA 3D tuzilishini modellashtirish uchun veb-server". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 44 (W1): W315-W319. doi:10.1093 / nar / gkw279. ISSN 0305-1048. PMC 4987879. PMID 27095203.
 | Bu ilmiy dasturiy ta'minot maqola a naycha. Siz Vikipediyaga yordam berishingiz mumkin uni kengaytirish. |