WikiDer > Tsiklik di-GMP-I riboswitch

Cyclic di-GMP-I riboswitch
c-di-GMP-I
RF01051-rscape.svg
Kelishuv ikkilamchi tuzilish va ketma-ketlikni saqlash Tsiklik di-GMP-I riboswitch
Identifikatorlar
Belgilarc-di-GMP-I
RfamRF01051
Boshqa ma'lumotlar
RNK turi Cis-reg
GOGO muddati GO bilan boshlanishi kerak:
SOSO: 0005836
PDB tuzilmalarPDBe
c-di-GMP-I-GGC
RF03167.svg
Kelishuv ikkilamchi tuzilish va ketma-ketlikni saqlash c-di-GMP-I-GGC riboswitch
Identifikatorlar
Belgilarc-di-GMP-I-GGC
RfamRF03167
Boshqa ma'lumotlar
RNK turi Cis-reg
GOGO muddati GO bilan boshlanishi kerak:
SOSO: 0005836
PDB tuzilmalarPDBe
c-di-GMP-I-UAU
RF03168-rscape.svg
Kelishuv ikkilamchi tuzilish va ketma-ketlikni saqlash c-di-GMP-I-UAU riboswitch
Identifikatorlar
Belgilarc-di-GMP-I-UAU
RfamRF03168
Boshqa ma'lumotlar
RNK turi Cis-reg
GOGO muddati GO bilan boshlanishi kerak:
SOSO: 0005836
PDB tuzilmalarPDBe

Tsiklik di-GMP-I riboswitches sinfidir riboswitch bu maxsus bog'langan tsiklik di-GMP,[1] bu ikkinchi xabarchi turli mikrob jarayonlarida, shu jumladan zaharlanish, harakatchanlik va biofilm shakllanish. Dastlab tsiklik di-GMP-I riboswitches tomonidan aniqlangan bioinformatika konservator sifatida RNK"GEMM motifi" deb nomlangan tuzilishga o'xshash.[2] Ushbu riboswitches juda ko'p turli xil bakteriyalar, va eng keng tarqalgan Klostridiya va ba'zi navlari Proteobakteriyalar. Riboswitches kabi patogenlarda mavjud Clostridium difficile, Vibrio vabo (bu sabab bo'ladi vabo) va Bacillus antracis (bu sabab bo'ladi kuydirgi). Geobakteriya uranreducens uning tarkibida ushbu riboswitchning 30 ta holati bo'lishi taxmin qilinmoqda genom. A bakteriyofag yuqtiradi C. difficile bakteriyalarni yuqtirgan fiziologik holatini aniqlash va ulardan foydalanish uchun ishlatilishi mumkin bo'lgan tsiklik di-GMP-I riboswitch olib yurishi taxmin qilinmoqda.

Ushbu riboswitch sinfining kashfiyoti turli xil bakteriyalarda tsiklik di-GMP darajasiga javoban genlar qanday boshqariladi degan savolga javob beradi. Shu bilan birga, tsiklik di-GMP o'rganilgan ba'zi bakteriyalarda tsiklik di-GMP-I riboswichlari yo'q, masalan. Pseudomonas aeruginosa. Tsiklik di-GMP-I riboswitchlar kashf etilgan birinchi turdagi riboswitch bo'lib, ularning roli asosan tartibga solishda emas metabolizm, lekin buning o'rniga signalizatsiya qismidir. Siklik di-GMP ni bog'laydigan riboswitchning ikkinchi klassi deyiladi tsiklik di-GMP-II riboswitch. Ikkala siklik di-GMP bilan bog'lovchi riboswichlar ma'lum ketma-ketlik yoki tizimli xususiyatlarga ega emas.

Siklik di-GMP-I riboswichlarning yuqori aniqlikdagi uch o'lchovli tuzilmalari yordamida aniqlandi Rentgenologik kristallografiya.[3][4]

C-di-GMP-I riboswitch tuzilishining ba'zi gomologlari aslida boshqa signal beruvchi molekulani taniydigan riboswichlarni ishlaydi, davriy AMP-GMP.[5][6]

Adabiyotlar

  1. ^ Sudarsan N, Li ER, Vaynberg Z, Moy RH, Kim JN, Link KH, Breaker RR (2008). "Riboswitches eubacteria-da ikkinchi messenjerning tsiklik di-GMP-ni anglatadi". Ilm-fan. 321 (5887): 411–413. doi:10.1126 / science.1159519. PMC 5304454. PMID 18635805.
  2. ^ Vaynberg Z, Barrik JE, Yao Z va boshq. (2007). "CMfinder qiyosiy genomika quvur liniyasidan foydalangan holda bakteriyalarda 22 nomzod tuzilgan RNKlarni aniqlash". Nuklein kislotalari rez. 35 (14): 4809–4819. doi:10.1093 / nar / gkm487. PMC 1950547. PMID 17621584.
  3. ^ Kulshina N, Baird NJ, Ferré-D'Amaré AR (dekabr 2009). "Bakterial ikkinchi xabarchi tsiklik diguanilatni uning qarindoshi riboswitch tomonidan tan olinishi". Nat. Tuzilishi. Mol. Biol. 16 (12): 1212–1217. doi:10.1038 / nsmb.1701. PMC 2925111. PMID 19898478.
  4. ^ Smit KD, Lipchock SV, Ames TD, Vang J, Breaker RR, Strobel SA (dekabr 2009). "Ligandni c-di-GMP riboswitch bilan bog'lashning strukturaviy asoslari". Nat. Tuzilishi. Mol. Biol. 16 (12): 1218–1223. doi:10.1038 / nsmb.1702. PMC 2850612. PMID 19898477.
  5. ^ Nelson JW, Sudarsan N, Phillips GE, Stav S, Lünse CE, McCown PJ, Breaker RR (2015). "C-AMP-GMP orqali bakterial ekzoelektrogenezni boshqarish". Proc. Natl. Akad. Ilmiy ish. AQSH. 112 (17): 5389–5394. doi:10.1073 / pnas.1419264112. PMC 4418907. PMID 25848023.
  6. ^ Kellenberger, CA, Wilson SC, Xickey SF, Gonsales TL, Su Y, Hallberg ZF, Brewer TF, Iavarone AT, Carlson HK, Hsieh YF, Hammond MC (2015). "Geobacter-dan GEMM-I riboswitcherlari bakterial ikkinchi xabarchi tsiklik AMP-GMPni sezadi". Proc. Natl. Akad. Ilmiy ish. AQSH. 112 (17): 5383–5388. doi:10.1073 / pnas.1419328112. PMC 4418906. PMID 25848022.

Tashqi havolalar