WikiDer > Jeyms Kuff

James Cuff
Buni chalkashtirib yubormaslik kerak Jeyms Kuff (so'z ma'nosi).

Doktor Jeyms Endryu Kuff
Tug'ilgan1974 yil (45-46 yosh)[iqtibos kerak]
Olma materXrist cherkovi, Oksford
Ilmiy martaba
InstitutlarGarvard universiteti
Keng institut

Evropa bioinformatika instituti
Oksford universiteti
Manchester universiteti
TezisOqsillar tarkibini bashorat qilish (1999)
Doktor doktoriGeoffrey J. Barton[1]
Veb-saytblog.juff.net
haqida.me/ jcuff
twitter.com/ jamesdotcuff
olim.harvard.edu/ jcuff

Jeyms Endryu Kuff, (tug'ilgan Preston, Lankashir) ingliz biofizik. Manjet rahbarlik lavozimlarida ishlagan Garvard universiteti, Keng institut, Wellcome Trust Sanger instituti va Evropa bioinformatika instituti.

Ta'lim

Cuff doktorlik dissertatsiyasini himoya qilgan Oqsillar tarkibini bashorat qilish[1] dan Oksford universiteti, va ilmiy bakalavr darajasiga ega Kimyo dan Manchester universiteti.

Tadqiqot

Cuff tadqiqotlari tekshiradi genomika, oqsil tuzilishini bashorat qilish, bioinformatika va Yuqori samarali hisoblash (HPC).[2][3] Manjet yigirma to'qqizta sutemizuvchilarning birinchi bir vaqtning o'zida genom-tahlilini yakunlagan guruhlarning bir qismi sifatida ishlagan,[4] inson genlari sonini aniqlashtirish,[5] va embrional ildiz hujayralarida topilgan birinchi ikki valentli xromatin tuzilmalari.[6] Bundan tashqari, Cuff bir nechta keng ko'lamli ishlarga o'z hissasini qo'shdi bioinformatika va hisoblash biologiyasi loyihalar, shu jumladan Ansambl,[7] Jalview,[8] va birinchi onlayn konsensus ikkilamchi tuzilishni bashorat qilish algoritm JPred.[9][10] U sichqon, it va monodelphis genomlarining aniqligini qo'llab-quvvatladi[11][12][13] va erta KODLASH loyiha.[14]

Bilan erta ishlashga asoslangan kompyuter klasterlari,[15] Manjetning dizayni va arxitekturasi yordam berdi Massachusets shtatidagi Yuqori samaradorlikni hisoblash markazi, millionlab dollar[16] ma'lumotlar markazi o'rtasida loyiha Garvard universiteti, MIT, Boston universiteti, Shimoli-sharq universitetiva Massachusets universiteti. Cuff, shuningdek, JAuth deb nomlangan ommabop ochiq manbali autentifikatsiya qilish usulining hammuallifi.[17] Manjet ham asosiy tergovchidir.

Adabiyotlar

  1. ^ a b Manjet, Jeyms (1999). Oqsillar tarkibini bashorat qilish (Doktorlik dissertatsiyasi). Oksford universiteti.
  2. ^ Jeyms Kuff tomonidan indekslangan nashrlar Google Scholar
  3. ^ Nashrlar ro'yxati dan Microsoft Academic
  4. ^ Lindblad-Toh, K .; Garber, M.; Zuk, O .; Lin, M. F .; Parker, B. J .; Washietl, S .; Xeradpur, P.; Ernst, J .; Iordaniya, G .; Mauceli, E .; Uord, L. D .; Lou, C. B .; Xollouey, A. K .; Kelepçe, M.; Gnerre, S .; Alfoldi, J .; Beal, K .; Chang, J .; Klavson, X.; Manjet, J .; Di Palma, F.; Fitsjerald, S.; Flicek, P .; Gutman, M.; Xubis, M. J .; Jaffe, D. B.; Jungreis, I .; Kent, V. J.; Kostka, D .; Lara, M. (2011). "29 ta sutemizuvchilardan foydalangan holda inson evolyutsiyasini cheklashning yuqori aniqlikdagi xaritasi". Tabiat. 478 (7370): 476–482. Bibcode:2011 yil natur.478..476.. doi:10.1038 / nature10530. PMC 3207357. PMID 21993624.
  5. ^ Kelepçe, M.; Fray, B.; Kamol M.; Xie X.; Manjet, J .; Lin, M. F .; Kellis M.; Lindblad-Toh, K .; Lander, E. S. (2007). "Inson genomidagi oqsillarni kodlovchi va kodlamaydigan genlarni ajratib ko'rsatish". Milliy fanlar akademiyasi materiallari. 104 (49): 19428–19433. doi:10.1073 / pnas.0709013104. PMC 2148306. PMID 18040051.
  6. ^ Bernshteyn, B. E .; Mikkelsen, T. S.; Xie X.; Kamol M.; Huebert, D. J .; Manjet, J .; Fray, B.; Meysner, A .; Vernig, M .; Plath K.; Yaenisch, R .; Vagshal, A .; Feyl, R .; Shrayber, S. L.; Lander, E. S. (2006). "Ikki valentli xromatin tuzilishi embrion ildiz hujayralarida rivojlanishning asosiy genlarini belgilaydi". Hujayra. 125 (2): 315–326. doi:10.1016 / j.cell.2006.02.041. PMID 16630819.
  7. ^ Xabard, T.; Barker, D .; Birni, E.; Kemeron, G.; Chen, Y .; Klark, L .; Koks, T .; Manjet, J .; Curwen, V .; Pastda, T .; Durbin, R .; Eyras, E .; Gilbert, J .; Xammond, M.; Xuminiecki, L .; Kasprşik, A .; Lehvaslaiho, H.; Lijnzaad, P .; Melsopp, C .; Mongin, E .; Pettett, R .; Pokok, M.; Potter, S .; Rust, A .; Shmidt, E .; Searl, S .; Slater, G.; Smit, J.; Qoshiqchi, V.; Stabenau, A. (2002). "Ensembl genom ma'lumotlar bazasi loyihasi". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 30 (1): 38–41. doi:10.1093 / nar / 30.1.38. PMC 99161. PMID 11752248.
  8. ^ Kelepçe, M.; Manjet, J .; Searl, S. M.; Barton, G. J. (2004). "Jalview Java-ni tekislash muharriri". Bioinformatika. 20 (3): 426–427. doi:10.1093 / bioinformatika / btg430. PMID 14960472.
  9. ^ Manjet, J. A .; Barton, G. J. (2000). "Proteinning ikkilamchi tuzilishini bashorat qilishni yaxshilash uchun bir nechta ketma-ketlikni tekislash rejimlarini qo'llash". Oqsillar: tuzilishi, funktsiyasi va genetikasi. 40 (3): 502–511. doi:10.1002 / 1097-0134 (20000815) 40: 3 <502 :: AID-PROT170> 3.0.CO; 2-Q. PMID 10861942.
  10. ^ Manjet, J. A .; Barton, G. J. (1999). "Proteinning ikkilamchi tuzilishini bashorat qilish uchun ketma-ketlik usullarini baholash va takomillashtirish". Oqsillar: tuzilishi, funktsiyasi va genetikasi. 34 (4): 508–519. doi:10.1002 / (SICI) 1097-0134 (19990301) 34: 4 <508 :: AID-PROT10> 3.0.CO; 2-4. PMID 10081963.
  11. ^ Chinvalla, A. T .; Voterston, L. L .; Lindblad-Tox, K. D .; Birni, G. A .; Rojers, L. A .; Abril, R. S .; Agarval, T. A .; Agarwala, L. V.; Ainscough, E. R .; Aleksandersson, J. D .; An, T. L .; Antonarakis, V. E.; Attvud, J. O .; Baertsch, M. N .; Beyli, K. X.; Barlow, C. S .; Bek, T. C .; Berri, B .; Birren, J .; Bloom, E .; Bork, R. H .; Botcherbi, M. C .; Bray, R. K .; Brent, S. P.; Braun, P .; Braun, E .; Bult, B .; Berton, T .; Butler, D. G.; va boshq. (2002). "Sichqoncha genomining dastlabki ketma-ketligi va qiyosiy tahlili". Tabiat. 420 (6915): 520–562. Bibcode:2002 yil natur.420..520W. doi:10.1038 / nature01262. PMID 12466850.
  12. ^ Lindblad-Toh, K .; Veyd, C. M .; Mikkelsen, T. S.; Karlsson, E. K .; Jaffe, D. B.; Kamol M.; Kelepçe, M.; Chang, J. L .; Kulbokas, E. J .; Zodi, M. C .; Mauceli, E .; Xie X.; Breen, M .; Ueyn, R. K .; Ostrander, E. A .; Ponting, C. P.; Galibert, F.; Smit, D. R .; Dejong, P. J.; Kirkness, E .; Alvares, P .; Biagi, T .; Brokman, V.; Butler, J .; Chin, C. V.; Kuk, A .; Manjet, J .; Deyli, M. J .; Dekaprio, D.; va boshq. (2005). "Uy itining genomlari ketma-ketligi, qiyosiy tahlili va haplotip tuzilishi". Tabiat. 438 (7069): 803–819. Bibcode:2005 yil Natura. 438..803L. doi:10.1038 / nature04338. PMID 16341006.
  13. ^ Mikkelsen, T. S.; Ueykfild, M. J .; Aken, B .; Amemiya, C. T .; Chang, J. L .; Dyuk S .; Garber, M.; Gentles, A. J .; Gudstadt, L .; Xeger, A .; Jurka, J .; Kamol M.; Mauceli, E .; Searl, S. M. J.; Sharp, T .; Beyker, M. L .; Batzer, M. A .; Benos, P. V.; Belov, K .; Kelepçe, M.; Kuk, A .; Manjet, J .; Das, R .; Devidov, L .; Deakin, J. E .; Fazzari, M. J .; Shisha, J. L .; Grabherr, M.; Greally, J. M .; Gu, W. (2007). "Monodelphis domestica marsupial genomi kodlamaydigan ketma-ketlikdagi yangilikni ochib berdi". Tabiat. 447 (7141): 167–177. Bibcode:2007 yil natur.447..167M. doi:10.1038 / nature05805. PMID 17495919.
  14. ^ ENCODE loyihasi konsortsiumi; Birney E; Stamatoyannopoulos JA; Dutta A; Gigo R; Gingeras TR; Margulies EH; Veng Z; Snayder M; Dermitzakis ET; va boshq. (2007). "ENCODE pilot loyihasi bo'yicha inson genomidagi 1% funktsional elementlarni aniqlash va tahlil qilish". Tabiat. 447 (7146): 799–816. Bibcode:2007 yil natur.447..799B. doi:10.1038 / nature05874. PMC 2212820. PMID 17571346.
  15. ^ Manjet, J. A .; Kates, G. M .; Kutts, T. J .; Rae, M. (2004). "Ansambl hisoblash arxitekturasi". Genom tadqiqotlari. 14 (5): 971–975. doi:10.1101 / gr. 1866304. PMC 479128. PMID 15123594.
  16. ^ Savdo vazirligi press-relizi, 2011 yil 24-avgust
  17. ^ https://github.com/mclamp/jauth/