WikiDer > Filogenetik daraxtni vizualizatsiya qilish dasturi

List of phylogenetic tree visualization software

Ushbu ro'yxat filogenetik daraxtlarni ko'rish dasturi vizualizatsiya qilishda ishlatiladigan dasturiy vositalar va veb-portallarning to'plamidir filogenetik daraxtlar.

Onlayn dasturiy ta'minot

IsmTavsifIqtibos
AkvaponiyaBeast uchun Javascript daraxt ko'ruvchisi[1]
ETE asboblar to'plami Tree Viewerdaraxtlar bilan birgalikda bir nechta ketma-ketlikdagi hizalamalarni ko'rsatishga imkon beruvchi filogenetik daraxtlarni ko'rish uchun onlayn vosita (newick formati) (fasta formati)[2]
EvolViewfilogenetik daraxtlarni ko'rish, izohlash va boshqarish uchun onlayn vosita[3]
IcyTreeIzohli ildizli daraxtlar uchun mijoz tomonidagi Javascript SVG tomoshabin. Shuningdek, filogenetik tarmoqlarni qo'llab-quvvatlaydi[4]
IrokiFilogenetik daraxtlarni avtomatik sozlash va ingl[5]
iTOL - interaktiv Hayot daraxtidaraxtlarga har xil turdagi ma'lumotlar bilan izoh berish va turli grafik formatlarga eksport qilish; ommaviy interfeys orqali skript[6]
MicroreactFilogenetik daraxtlar, xaritalar va vaqt jadvallari yordamida ketma-ketlik va meta-ma'lumotlarni bog'lang, tasavvur qiling va o'rganing[7]
OneZoomtafsilotlarni oshirish uchun kattalashtirilishi mumkin bo'lgan filogenetik daraxtlarni namoyish qilish uchun IFIG (Interactive Fractal Inspired Graphs) dan foydalanadi[8]
Phylo.ioInterfaol HTML5 vizualizatsiyalari bilan yonma-yon 2 tagacha daraxtlarni ko'ring va taqqoslang[9]
PhyloExplorerfilogenetik daraxt kollektsiyalarini baholashni va boshqarishni osonlashtiradigan vosita. PhyloExplorer ildiz otgan daraxtlarning kiritilgan to'plamini hisobga olgan holda kollektsiyani tavsiflovchi statistik ma'lumotlarni olish, yaroqsiz takson nomlarini tuzatish, maxsus so'rovlar tilidan foydalanib kolleksiyaning taksonomik jihatdan ahamiyatli qismlarini ajratib olish va tegishli daraxtlarni aniqlash uchun imkoniyatlar yaratadi. TreeBASE ma'lumotlar bazasi.[10]
PHYLOViZ OnlaynVizualizatsiya, filogenetik xulosa chiqarish, tahlil qilish va minimal uzunlikdagi daraxtlarni bo'lishish uchun veb-ga asoslangan vosita[11]
PhyloWidgetfilogenetik daraxtlarni ko'rish, tahrirlash va onlayn nashr etish; ma'lumotlar bazalari bilan interfeyslar[12]
T-REX (veb-server)Daraxtlarni xulosa qilish va vizualizatsiya (daraxtlarning ierarxik, lamel va eksenel ko'rinishlari), Genlarni gorizontal ravishda uzatish aniqlash va HGT tarmog'ini vizualizatsiya qilish[13]
TidyTreeMijoz tomonidan HTML5 / SVG Filogenetik Daraxt Rendereri, asosida D3.js[14]
TreeVectorInternet uchun kengaytiriladigan, interaktiv, filogenetik daraxtlar, Java-da amalga oshirilgan dinamik SVG yoki PNG ishlab chiqarishlarni ishlab chiqaradi.[15]

Ish stoli uchun dasturiy ta'minot

IsmTavsifOS1Iqtibos
ARBDaraxtlarni vizualizatsiya qilish va izohlash uchun integral dasturiy muhitLM[16]
ArxeopteriksJava daraxtini ko'ruvchi va muharriri (ATV sifatida ishlatilgan)[17]
BioNumericsBarcha turdagi biologik ma'lumotlarni boshqarish, saqlash va tahlil qilish uchun universal platforma, shu jumladan ketma-ketlik ma'lumotlarini daraxt va tarmoq xulosasiV
Bio :: PhyloFilogenetik ma'lumotni manipulyatsiya qilish va tasavvur qilish uchun Perl modullari to'plami. Bio :: Philo - bu to'liq to'plamning bir qismidir Perl biologiyasi vositalariHammasi[18]
DendroskopKatta filogenetik daraxtlar va tarmoqlar uchun interaktiv tomoshabinHammasi[19]
DensiTreeKo'plab qoplangan daraxtlarni ko'rishga qodir tomoshabin.Hammasi[20]
FigTreeNewick va nexus daraxtlari fayllarini o'qiy oladigan oddiy Java daraxt ko'rish vositasi. Filiallarni bo'yash va vektorli san'at asarlarini ishlab chiqarish uchun foydalanish mumkin.Hammasi[21]
JEvTraceKetma-ketlikni tekislash, filogeniya va tuzilish uchun ko'p valentli brauzer. Interaktiv Evolyutsion izni amalga oshiradi[22] va boshqa filogeniyaga asoslangan tahlil.Hammasi[23]
MEGAMolekulyar evolyutsiyani statistik tahlil qilish uchun dasturiy ta'minot. U turli xil daraxtlarni ko'rish xususiyatlarini o'z ichiga oladiHammasi[24]
MultiDendrogramlarFilogenetik daraxtlarni hisoblash va chizish uchun ochiq manbali interaktiv dasturHammasi[25]
PHYLOViZMinimal uzunlikdagi daraxtlardan foydalangan holda allelik / SNP sekanslari profillari uchun filogenetik xulosa chiqarish va ma'lumotlarni vizualizatsiya qilish.Hammasi[26]
TreeDynDaraxtlarni manipulyatsiya qilish va meta ma'lumotlarini kiritish imkonini beruvchi izohlash uchun ochiq kodli dasturiy ta'minotHammasi[27]
TreevolyutsiyaBo'lim va halqalarning buzilishi bilan doiraviy vizualizatsiya uchun ochiq manbali vosita va boshqa bir qator funktsiyalar, masalan, filiallarni klasterlash va kesish.Hammasi[28]
TreeGraph 2Ko'p tahrirlash va formatlash operatsiyalari, shu jumladan turli xil filogenetik tahlillarni birlashtirish bilan ochiq manbali daraxt muharririHammasi[29]
TreeViewTreeviewing dasturiHammasi[30][31]
UGENEPhylip 3.6 paketi uchun opensource vizual interfeysiHammasi

1 "Hammasi" Microsoft Windows, Apple OSX va Linux-ga tegishli; L = Linux, M = Apple Mac, W = Microsoft Windows

Kutubxonalar

IsmTilTavsifIqtibos
ggtreeRDaraxtlarni vizualizatsiya qilish va grafikalar grammatikasi bilan izohlash uchun R to'plami[32]
jsPhyloSVGJavascriptkengaytiriladigan, moslashuvchan filogenetik daraxtlarni ko'rsatish uchun ochiq manbali javascript kutubxonasi; Elsevier interaktiv daraxtlari uchun ishlatiladi[33][34]
PhyD3JavascriptSVG yoki PNG chiqishi bilan raqamli annotatsion grafikalar bilan interaktiv filogenetik daraxtlarni vizualizatsiya qilish D3.js[35]
phylotree.jsJavascriptphylotree.js - bu mashhur ma'lumotlar vizualizatsiya doirasini kengaytiradigan kutubxona D3.js, va foydalanuvchilar filogenetik daraxtlarni ko'rishlari va ular bilan aloqa qilishlari mumkin bo'lgan JavaScript dasturlarini yaratish uchun javob beradi[36]
FitollarRR ga asoslangan qiyosiy biologiya (va boshqa narsalar) uchun filogenetik vositalar[37]
toytreePythonToytree: Python uchun minimalist daraxtlarni vizualizatsiya qilish va manipulyatsiya kutubxonasi[38]

Shuningdek qarang

Adabiyotlar

  1. ^ Cazaux, Bastien; Kastel, Giyom; Raqiblar, Erik (2019-01-14). "AQUAPONIYA: filogenetik daraxtlar bo'yicha fileografik ma'lumotlarni vizualizatsiya qilish va talqin qilish" (PDF). Bioinformatika. 35 (17): 3163–3165. doi:10.1093 / bioinformatika / btz011. ISSN 1367-4803. PMID 30649190.
  2. ^ Huerta-Cepas J, Dopazo J, Gabaldon T (yanvar 2010). "ETE: daraxtlarni o'rganish uchun piton muhiti". BMC Bioinformatika. 11: 24. doi:10.1186/1471-2105-11-24. PMC 2820433. PMID 20070885.
  3. ^ Chjan X, Gao S, Lerher MJ, Xu S, Chen VN (iyul 2012). "EvolView, filogenetik daraxtlarni ko'rish, izohlash va boshqarish uchun onlayn vosita". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 40 (Veb-server muammosi): W569-72. doi:10.1093 / nar / gks576. PMC 3394307. PMID 22695796.
  4. ^ Vaughan TG (2017 yil avgust). "IcyTree: filogenetik daraxtlar va tarmoqlar uchun tezkor brauzer asosida vizualizatsiya". Bioinformatika. 33 (15): 2392–2394. doi:10.1093 / bioinformatika / btx155. PMC 5860111. PMID 28407035.
  5. ^ Mur RM, Harrison AO, McAllister SM, Polson SW, Wommack KE (2020 yil fevral). "Iroki: filogenetik daraxtlarni avtomatik sozlash va ingl.". PeerJ. 8 (e8584): e8584. doi:10.7717 / peerj.8584. PMC 7049256. PMID 32149022.
  6. ^ Letunik I, Bork P (2007 yil yanvar). "Interaktiv hayot daraxti (iTOL): filogenetik daraxtlarni namoyish qilish va izohlash uchun onlayn vosita" (PDF). Bioinformatika. 23 (1): 127–8. doi:10.1093 / bioinformatics / btl529. PMID 17050570.
  7. ^ Argimon, Silviya; Abudahab, Xalil; Echki, Richard J. E .; Fedosejev, Artemij; Bxay, Yyotish; Glasner, Korinna; Feyl, Edvard J.; Xolden, Metyu T. G.; Yeats, Corin A. (2016-11-30). "Microreact: genomik epidemiologiya va fileografiya bo'yicha ma'lumotlarni vizualizatsiya qilish va almashish". Mikrobial genomika. 2 (11): e000093. doi:10.1099 / mgen.0.000093. ISSN 2057-5858. PMC 5320705. PMID 28348833.
  8. ^ Rosindell J, Harmon LJ (2012). "OneZoom: hayot daraxti uchun fraktal tadqiqotchi". PLOS biologiyasi. 10 (10): e1001406. doi:10.1371 / journal.pbio.1001406. PMC 3472976. PMID 23091419.
  9. ^ Robinson O, Dylus D, Dessimoz C (avgust 2016). "Phylo.io: Internetda yirik filogenetik daraxtlarni interaktiv ko'rish va taqqoslash". Molekulyar biologiya va evolyutsiya. 33 (8): 2163–6. arXiv:1602.04258. Bibcode:2016arXiv160204258R. doi:10.1093 / molbev / msw080. PMC 4948708. PMID 27189561.
  10. ^ Ranvez V, Kleron N, Delsuk F, Pourali S, Auberval N, Diser S, Berri V (may, 2009). "PhyloExplorer: filogenetik daraxtlarni tekshirish, o'rganish va so'rov qilish uchun veb-server". BMC evolyutsion biologiyasi. 9. 9: 108. doi:10.1186/1471-2148-9-108. PMC 2695458. PMID 19450253.
  11. ^ Ribeyro-Gonsalves B, Frantsisko AP, Vaz C, Ramirez M, Carriço JA (iyul 2016). "PHYLOViZ Online: vizualizatsiya, filogenetik xulosa qilish, tahlil qilish va minimal uzunlikdagi daraxtlarni bo'lishish uchun veb-vosita". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 44 (W1): W246-51. doi:10.1093 / nar / gkw359. PMC 4987911. PMID 27131357.
  12. ^ Jordan GE, Piel WH (2008 yil iyul). "PhyloWidget: hayot daraxti uchun veb-vizualizatsiya". Bioinformatika. 24 (14): 1641–2. doi:10.1093 / bioinformatics / btn235. PMID 18487241.
  13. ^ Boc A, Diallo AB, Makarenkov V (iyul 2012). "T-REX: filogenetik daraxtlar va tarmoqlarni aniqlash, tasdiqlash va ingl. Ko'rish uchun veb-server". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 40 (Veb-server muammosi): W573-9. doi:10.1093 / nar / gks485. PMC 3394261. PMID 22675075.
  14. ^ Boylz, Entoni (2019). "TidyTree: murosasiz egiluvchan filogenetik daraxtlar". CDC.
  15. ^ Pethica R, Barker G, Kovacs T, Gough J (yanvar 2010). "TreeVector: Internet uchun kengaytiriladigan, interaktiv, filogenetik daraxtlar". PLOS One. 5 (1): e8934. Bibcode:2010PLoSO ... 5.8934P. doi:10.1371 / journal.pone.0008934. PMC 2812488. PMID 20126613.
  16. ^ Lyudvig Vt, Strunk O, Westram R, Rixter L, Meier H, Buchner A, Lay T, Steppi S, Jobb G, Förster V, Brettske I, Gerber S, Ginxart AW, Gross O, Grumann S, Hermann S, Jost R , König A, Liss T, Lyussmann R, May M, Nonhoff B, Reyxel B, Strexlou R, Stamatakis A, Stakman N, Vilbig A, Lenke M, Lyudvig T, Bode A, Shleyfer KH (2004). "ARB: ketma-ketlik ma'lumotlari uchun dasturiy muhit". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 32 (4): 1363–71. doi:10.1093 / nar / gkh293. PMC 390282. PMID 14985472.
  17. ^ Zmasek CM, Eddy SR (aprel, 2001). "ATV: izohli filogenetik daraxtlarni namoyish qilish va manipulyatsiya qilish". Bioinformatika. 17 (4): 383–4. doi:10.1093 / bioinformatika / 17.4.383. PMID 11301314.
  18. ^ Vos RA, Caravas J, Hartmann K, Jensen MA, Miller C (fevral 2011). "BIO :: Perl yordamida filo-filoinformatik tahlil". BMC Bioinformatika. 12: 63. doi:10.1186/1471-2105-12-63. PMC 3056726. PMID 21352572.
  19. ^ Xusson DH, Rixter DC, Rausch C, Dezulian T, Franz M, Rupp R (2007 yil noyabr). "Dendroskop: yirik filogenetik daraxtlar uchun interaktiv tomoshabin". BMC Bioinformatika. 8: 460. doi:10.1186/1471-2105-8-460. PMC 2216043. PMID 18034891.
  20. ^ Bouckaert R, Heled J (2014-12-08). "DensiTree 2: O'rmon bo'ylab daraxtlarni ko'rish". bioRxiv 10.1101/012401.
  21. ^ Rambaut A. 2018. FigTree 1.4.4. https://github.com/rambaut/figtree/releases
  22. ^ Lixtarj, O .; Born, H. R .; Koen, F. E. (1996-03-29). "Evolyutsion iz usuli oqsil oilalariga xos bo'lgan bog'lanish sirtlarini aniqlaydi". Molekulyar biologiya jurnali. 257 (2): 342–358. doi:10.1006 / jmbi.1996.0167. ISSN 0022-2836. PMID 8609628.
  23. ^ Joachimiak MP, Koen FE (2002). "JEvTrace: Java-dagi evolyutsion izning aniqlanishi va o'zgarishi". Genom biologiyasi. 3 (12): tadqiqot0077.1. doi:10.1186 / gb-2002-3-12-tadqiqot0077. PMC 151179. PMID 12537566.
  24. ^ Kumar S, Stecher G, Li M, Knyaz S, Tamura K (iyun 2018). "MEGA X: Hisoblash platformalarida molekulyar evolyutsion genetika tahlili". Molekulyar biologiya va evolyutsiya. 35 (6): 1547–1549. doi:10.1093 / molbev / msy096. PMC 5967553. PMID 29722887.
  25. ^ Fernández A, Gomez S (2008). "Multidendrogramlardan foydalangan holda aglomerativ iyerarxik klasterlashda o'ziga xos bo'lmaganlikni hal qilish". Tasniflash jurnali. 25 (1): 43–65. arXiv:cs / 0608049. doi:10.1007 / s00357-008-9004-x.
  26. ^ Francisco AP, Vaz C, Monteiro PT, Melo-Cristino J, Ramirez M, Carriço JA (may 2012). "PHYLOViZ: ketma-ketlikda terish usullari uchun filogenetik xulosa va ma'lumotlarni vizualizatsiya qilish". BMC Bioinformatika. 13: 87. doi:10.1186/1471-2105-13-87. PMC 3403920. PMID 22568821.
  27. ^ Chevenet F, Brun C, Bañuls AL, Jacq B, Christen R (oktyabr 2006). "TreeDyn: dinamik grafikalar va daraxtlarni tahlil qilish uchun izohlarga". BMC Bioinformatika. 7: 439. doi:10.1186/1471-2105-7-439. PMC 1615880. PMID 17032440.
  28. ^ Santamariya R, Teron R (avgust 2009). "Treevolution: filogenetik daraxtlarni vizual tahlil qilish". Bioinformatika. 25 (15): 1970–1. doi:10.1093 / bioinformatika / btp333. PMID 19470585.
  29. ^ Stöver BC, Myuller KF (2010 yil yanvar). "TreeGraph 2: turli xil filogenetik tahlillardan olingan dalillarni birlashtirish va ingl.". BMC Bioinformatika. 11: 7. doi:10.1186/1471-2105-11-7. PMC 2806359. PMID 20051126.
  30. ^ "Arxivlangan nusxa" (PDF). Arxivlandi asl nusxasi (PDF) 2015-02-14. Olingan 2008-10-22.CS1 maint: nom sifatida arxivlangan nusxa (havola)
  31. ^ RD sahifasi (1996 yil avgust). "TreeView: shaxsiy kompyuterlarda filogenetik daraxtlarni namoyish qilish uchun dastur". Bio-fanlarda kompyuter dasturlari. 12 (4): 357–8. doi:10.1093 / bioinformatika / 12.4.357. PMID 8902363.
  32. ^ Yu G, Smit DK, Chju X, Guan Y, Lam TT (2017 yil 1-yanvar). "ggtree: filogenetik daraxtlarni koovariatlari va boshqa tegishli ma'lumotlar bilan vizualizatsiya qilish va izohlash uchun R to'plami". Ekologiya va evolyutsiyadagi usullar. 8 (1): 28–36. doi:10.1111 / 2041-210X.12628.
  33. ^ [1]
  34. ^ Smits SA, Ouverney CC (avgust 2010). Poon AF (tahrir). "jsPhyloSVG: Internetdagi interaktiv va vektorli filogenetik daraxtlarni tasavvur qilish uchun javascript kutubxonasi". PLOS One. 5 (8): e12267. Bibcode:2010PLoSO ... 512267S. doi:10.1371 / journal.pone.0012267. PMC 2923619. PMID 20805892.
  35. ^ Kreft L, Botzki A, Coppens F, Vandepoele K, Van Bel M (sentyabr 2017). "PhyD3: funktsional genomika ma'lumotlarini vizualizatsiya qilish uchun kengaytirilgan phyloXML qo'llab-quvvatlanadigan filogenetik daraxt ko'ruvchisi". Bioinformatika. 33 (18): 2946–2947. doi:10.1093 / bioinformatika / btx324. PMID 28525531.
  36. ^ Shank SD, Weaver S, Kosakovsky Pond SL (2018 yil iyul). "phylotree.js - filogenetikada dasturlarni yaratish va interaktiv ma'lumotlarni vizualizatsiya qilish uchun JavaScript kutubxonasi". BMC Bioinformatika. 19 (1): 276. doi:10.1186 / s12859-018-2283-2. PMC 6060545. PMID 30045713.
  37. ^ Revell, LJ (2012). "fitollar: Filogenetik qiyosiy biologiya uchun R to'plami (va boshqa narsalar)". Ekol usullari. Evol. 3 (2): 217–223. doi:10.1111 / j.2041-210X.2011.00169.x.
  38. ^ Eaton, DAR (2019). "Toytree: Python uchun minimalist daraxtlarni vizualizatsiya qilish va manipulyatsiya kutubxonasi". Ekol usullari. Evol. 11 (1): 187–191. doi:10.1111 / 2041-210X.13313.

Tashqi havolalar