WikiDer > Proser2

Proser2

PROSER2, shuningdek, prolin va seringa boy 2 deb nomlanuvchi, a oqsil odamlarda kodlanganligi PROSER2 gen. PROSER2, yoki c10orf47(Xromosoma 10 ochiq o'qish doirasi 47), qisqa qo'lning 14-bandida uchraydi 10-xromosoma (10p14) va yuqori konservalangan SARG domenini o'z ichiga oladi.[1][2] Bu tez rivojlanmoqda gen ikkitasi bilan paraloglar, c1orf116 va maxsus ravishda androgen tomonidan boshqariladigan gen oqsili izoform 1.[1][3][4] PROSER2 oqsili hozirda o'ziga xos bo'lmagan funktsiyaga ega, ammo odamlarda u o'z rolini o'ynashi mumkin hujayra tsiklini tartibga solish, reproduktiv faoliyat yuritadi va potentsial biomarker hisoblanadi saraton.[5][6][7][8][9][10]

Gen

Ushbu genning uzunligi 48880 tagacha, keyin esa 3360 taglik juftiga teng transkripsiya ga mRNA.[11][12] PROSER2 qo'shilishning 5 ta variantiga ega, ulardan 3 tasi muqobil ravishda qo'shilgan va ulardan 2 tasi aniqlanmagan shakllardir.[13] Unda kadrning yuqori oqimi mavjud kodonni to'xtatish va 2000 bp targ'ibotchi.[11][14]

Lokus

PROSER2 o'ninchi xromosomada joylashgan (10p14). Bu ortiqcha plyusga yo'naltirilgan DNK va 5 ga ega exons.[12][15]

PROSER2 transkripsiyasi

Splice Variant[14]Ism[16]Tartib uzunligi (bp)[14]Oqsil uzunligi (aa)[14]Mass (DA)[16]Turi[14]Xususiyatlari
1 - asosiy transkriptPROSER2; c10orf473360[11]43545,802Oqsillarni kodlash

(butun uzunligiga)

5 exons; 4 ta kodlash eksonlari[14] Bashorat qilingan: 1 dimetillangan arginin; 1 omega-N-metilarginin[16]

37 fosforillanish joylari;[17] 2 ta SUMO o'zaro ta'sir motivlari;[18] 2 ta S-Palmitoylatsiya joylari;[19] 2 GalNac O-glikosilatlanish joylari[20]

Izoelektrik nuqta: 6.81

To'lov: 3.0[14]

21646341Oqsillarni kodlash5 exons; 4 ta kodlash eksonlari[14]
3c10orf47 izoform CRA_b123223924,793Oqsillarni kodlash1 exon; 1 kodlash eksoni

Izoelektrik nuqta: 12.21

To'lov: 19.0[14]

4476859,554Oqsillarni kodlash3 exons; 2 kodlash eksonlari

3 'stenogrammada qisqartirilgan;[14] 85-chi aa - terminal bo'lmagan qoldiq[16]

Izoelektrik nuqta: 4.25

To'lov: -8.0[14]

5728Protein yo'qStenogramma qayta ishlandi4 exons; 0 kodlash eksonlari[14]

Gomologiya va evolyutsiya

Evolyutsion tarixi PROSER2 sitoxrom C va fibrinogen alfa subunitiga nisbatan. Grafadagi har bir ma'lumot nuqtasi BLAST qidiruvi yordamida topilgan turli xil turlarda topilgan inson genining homologini aks ettiradi. Ushbu qidiruv natijasida TimeTree yordamida topilgan odamlarning taxminiy kelishmovchilik vaqtiga taqqoslanadigan foizli identifikatorlar paydo bo'ldi. PROSER2 Fibrinogen alfa subunitiga o'xshash tez rivojlanayotgan gen.[21][22]

Ortologik makon

Uchun ortologik bo'shliq PROSER2 juda katta, chunki 143 organizm mavjud ortologlar inson bilan PROSER2.[12] Insonning eng uzoq orlogi PROSER2 bo'ladi fil akulasi, Callorhinchus milii. Odamlarning eng uzoq qarindoshlari PROSER2 baliqlar va akulalar (xaftaga oid baliqlar). Xuddi shu sababga ko'ra, shunday xulosaga kelish mumkin PROSER2 kelib chiqishi umurtqali hayvonlar.[3]

Paralogous Space

Inson PROSER2 genning ikkitasi bor paraloglar: c1orf116 va maxsus ravishda androgen tomonidan boshqariladigan gen oqsili izoform 1.[3]

Himoyalangan mintaqalar

Bir nechta ketma-ketlikni moslashtirish shuni ko'rsatdiki, prolin-seringa boy 2 oqsilining 3 'uchi ham uzoq, ham yaqin gomologlarda yuqori darajada saqlanib qoladi. Ular keng saqlanib qolgan aminokislotalar barcha primatlar, sutemizuvchilar, sudralib yuruvchilar, qushlar, amfibiyalar, baliqlar va akulalarda mavjud bo'lgan qatorlarga quyidagilar kiradi: R421, G406, V409, A424, L425, L428, G429 va L430. Shuni ta'kidlash kerakki, ushbu yuqori darajada konservalangan aminokislotalar 3 'uchi maxsus androgen tomonidan boshqariladigan gen oqsili (SARG) domenining ko'p qismini o'z ichiga oladi. Prolin-seringa boy 2-oqsilning 5 ’oxiri odamlarning yaqin qarindoshlarida, shu jumladan ketma-ketlik mavjud bo'lgan barcha primatlar, sutemizuvchilar, sudralib yuruvchilar va qushlarda juda yaxshi saqlanib qoladi. PROSER2 ning teng muvozanatiga ega asosiy va kislotali barcha gomologlarda saqlanadigan qoldiqlar.[23][24]

Evolyutsion naqsh

PROSER2 ro'za rivojlanayotgan shunga o'xshash gen Fibrinogen alfa subbirligi (FGA). U Fibrinogenning evolyutsion tarixi bilan deyarli mukammal darajada uyg'unlashadi va evolyutsiya xronologiyasidan ancha uzoqda Sitoxrom S (CYCS) nisbatan sekinroq rivojlanib bormoqda PROSER2 yoki FGA. Genlarning takrorlanishi PROSER2 taxminan 436,8 MYA odamlardan ajralib chiqqan baliqlarda uchraydi.[4]

Proline va Serine Rich 2 oqsillari

Yilda Homo sapiens, PROSER2 uzunligi 435 aminokislotadan iborat va a ga ega bo'lgan prolin va seringa boy oqsil 2 ni kodlaydi molekulyar og'irlik 45,802 Da dan.[1] Ushbu protein juda neytral bazalga ega izoelektrik nuqta 6.81 dan.[25] Prolin va seringa boy 2 oqsil tarkibida PROSER2 tarkibidagi 388 aminokislotani o'z ichiga olgan konservalangan SARG (xususan, androgen tomonidan boshqariladigan gen oqsili) domeni mavjud. SARG domeni pfam15385 genlar oilasiga tegishli. Uning haqiqiy funktsiyasi hali aniqlanmagan, ammo u shubhali androgen retseptorlari, chunki u mavjud bo'lganda tartibga solinadi androgenlar, lekin emas glyukokortikoidlar.[2] SARG domeni yuqori darajada ifodalangan prostata bu erda PROSER2 haqida ham xabar berilgan.[5]

Insonning PROSER2 oqsilining ichki tuzilishi va xususiyatlari.[2][26][27]

Oqsilning ichki tuzilishi

XususiyatlariManzil
Serlarga boy mintaqa[16]aa 8-43[16]
Kam murakkablik mintaqasi[14]aa 27-43[14]
Kam murakkablik mintaqasi[14]aa 87-105[14]
Kam murakkablik mintaqasi[14]aa 113-126[14]
Kam murakkablik mintaqasi[14]aa 143-171[14]
Boy hudud[16]aa 147-254[16]
Kam murakkablik mintaqasi[14]aa 228-246[14]
Kam murakkablik mintaqasi[14]aa 291-310[14]
SARG domeni

(Xususan, androgen bilan boshqariladigan gen oqsili)[2]

aa 44-433[2]

Tarjimadan keyingi o'zgartirishlar

PROSER2 tarkibida 35 ta bashorat qilingan serin fosforillanish joylari, shuningdek konservalangan qoldiqlarda 2 ta taxmin qilingan treonin fosforillanish joylari mavjud.[17] Bundan tashqari, 2 ta SUMO o'zaro ta'sir motiflari, 2 ta S-Palmitoylatsiya joylari, shuningdek yuqori konservalangan aminokislotalar yoki ularning yonida joylashgan 2 ta GalNac O-glikosilatsiya joylari bo'lishi taxmin qilinmoqda.[18][19][20] Ushbu modifikatsiyalar oqsilning katlanmasını va funktsiyasini o'zgartirishi mumkin, chunki u lokalizatsiya qilinadi yadro.[28]

Bashorat qilingan ikkinchi darajali tuzilish

PROSER2 ning tuzilishi hozircha xarakterlanmagan. Biroq, u 4 ni o'z ichiga olishi mumkin alfa spirallari va 5 ta domeni beta-varaqlar ular barcha sutemizuvchilar orasida saqlanib qolgan gomologlar.[29] Tarkibiy xususiyatlariga va tarjimadan keyingi modifikatsiyalarga asoslanib, klassik bo'lmagan sekretsiya yo'li orqali yadrodan ajralib chiqadigan eruvchan oqsil bo'lishi taxmin qilinmoqda.[28][30][31]

Funktsiya

Prolin va seringa boy 2 oqsilning vazifasi hozircha noma'lum. Biroq, bu potentsial sifatida AQShning bir nechta patentlarida keltirilgan biomarker saraton kasalligi.[5][6][7][8][9][10]

O'zaro ta'sir qiluvchi oqsillar

Avvalgi tajribalar shuni aniqladiki PROSER2 bir nechta boshqalar bilan o'zaro aloqada oqsillar shu jumladan: STK24, ESR2, POT1, ACTBva EPS8.[15][32] Ushbu o'zaro ta'sir qiluvchi oqsillar nazorat qilishda ishtirok etadi apoptoz, jinsiy hujayralarni differentsiatsiyasi, telomer parvarishlash, hujayraning yaxlitligi va hujayra aylanishi navbati bilan progressiya. Ushbu o'zaro ta'sirlar aniqlanadi PROSER2 hujayralar differentsiatsiyasi va apoptozni boshqarishda katta ishtirok etadigan gen sifatida.[15]

Ifoda

PROSER2 o'z ifodasida nihoyatda to'qima bo'lib, ko'pincha past bo'ladi. Odamlarda, PROSER2 eng yuqori darajada ifodalangan ilik, xomilalik miya, xomilalik buyrak, jigar, xomilalik jigar, o'pka, xomilalik o'pka, limfa tuguni, prostata, oshqozon, timusva traxeya (GEO profilining identifikatori: 69555271). Shuningdek, u yuqori darajada ifoda etilganligi aniqlandi yo'g'on ichak, moyaklar, parotid beziva bachadon (GEO profilining identifikatori: 10034772). Moyaklar va prostata to'qimalarida yuqori ekspresiya genda SARG domenining mavjudligini va uning androgenlar bilan birikishini hisobga olgan holda kutilganidek bo'ladi. PROSER2 eng kam ifodalangan yurak, orqa miyava kattalarning bir nechta joylari miya (GEO profilining identifikatori: 69555271). PROSER2 ETP-ALL (erta T-hujayra prekursori o'tkir lenfoblastik leykemiya) bemorlarida boshqaruvga nisbatan yuqori ekspressionga ega (GEO Profile ID: 92018456) va yuqori darajada ifodalangan birlamchi o'smalar bilan solishtirganda prostata bezining benign va zararli namunalar (GEO profil identifikatori: 14264706). PROSER2 erkaklarda AIS bilan kam ifodalangan (Androgen befarqligi sindromi), bu SARG domeniga nisbatan ilgari tasvirlangan dalillar bilan birga keladi. Bilan davolash dihidrotestosteron jinsiy a'zolarni keltirib chiqarishi aniqlandi fibroblastlar ning ifodasini oshirish PROSER2, bu uning androgenga javob beradigan gen ekanligini yanada qo'llab-quvvatlaydi (GEO Profile ID: 20808032).[33]

Transkripsiya omilining o'zaro ta'siri

PROSER2 quyidagilar bilan eng kuchli o'zaro ta'sir qiladi transkripsiya omillari: Umurtqali hayvonlarning TATA biriktiruvchi oqsil omili, ZF5 POZ domenli sink barmog'i, CTCF va BORIS genlari oilasi transkripsiyasi regulyatorlari, E2F-myc aktivator / hujayra tsikli regulyatori, MYT1 C2HC sink barmoq oqsili, SOX / SRY - jinsiy / moyakni aniqlash va unga bog'liq bo'lgan HMG qutisi omillari, CCAAT majburiy omillari, HOX-PBX komplekslari va C2HC sink barmoqlari transkripsiyasi omillari 13.[34] SRY geni aniqlashda asosiy omil hisoblanadi moyak shakllanishi rivojlanish jarayonida, shuning uchun bu mantiqan PROSER2Androgenlar bilan birikmasi SOX / da transkripsiya omillari bilan boshqariladi.SRY-Seks / moyakni aniqlash va unga bog'liq bo'lgan HMG qutisi omillari.[34] E2F-myc aktivatori / hujayra tsikli regulyatori ham muhimdir, chunki Myc saraton yo'llarida ishtirok etgan, shuning uchun uning transkripsiyasi faktori bilan bu bog'liqlik qo'shimcha dalillar keltiradi PROSER2saratonning potentsial biomarkeri sifatida roli.[5][6][7][8][9][10]

Klinik ahamiyati

Garchi PROSER2Odamlarda funktsiyasi aniqlanmagan, uning SARG sohasi, o'zaro ta'sir qiluvchi oqsillar / transkripsiya omillari va ekspression shakllari shuni ko'rsatadiki PROSER2 hujayra siklini boshqarish va apoptoz bilan shug'ullanadi va tabiatda androgenga sezgir. PROSER2 ning biomarkeri bo'lishi mumkin epiteliya hujayrasi, ko'krak, prostata, tuxumdon, o'pka, miyava qon saratoni AQSh Patentlarida ko'rsatilganidek.[5][6][7][8][9][10]

Mutatsiyalar

Inson PROSER2 quyidagi konservativ emas bitta nukleotid polimorfizmlari (SNP) uning ichida exons hamma yaqin bo'lganlar orasida saqlanadi gomologlar: D9N, C21G, G30S, R35Q, R40H, I69T, S71F, L46F, D83N, D109N, K200M, A412V, F345S, T408A va L425P.[35]

Adabiyotlar

  1. ^ a b v NCBI (Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi) oqsil
  2. ^ a b v d e Marchler-Bauer A va boshq. (2015), "CDD: NCBI ning saqlangan domen ma'lumotlar bazasi.", Nuklein kislotalari rez. 43 (ma'lumotlar bazasi muammosi): D222-6.
  3. ^ a b v NCBI BLAST (Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi Asosiy mahalliy tekislashni qidirish vositasi ) [http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi]
  4. ^ a b Vaqt daraxti [http://www.timetree.org/]
  5. ^ a b v d e Pavlovski, T., Yeatts, K. va Axavan, R. (2012). Saraton uchun aylanma biomarkerlar.
  6. ^ a b v d Birrer, MJ, Bonome, TA, Sood, A. va LU, C. (2013). Tuxumdon o'simtasidagi pro-angiogen genlar endotelial hujayradan ajralib chiqadi.
  7. ^ a b v d Nguyen, LS, Kim, H.G., Rozenfeld, JA, Shen, Y., Guzella, J.F., Lakassi, Y., Layman, LC, Shaffer, LG va Gécz, J. (2013). Nöro-rivojlangan mRNA parchalanish yo'li genlarini o'z ichiga olgan nusxa ko'chirish soni variantlarining neyro-rivojlanish kasalliklariga qo'shgan hissasi. Hum. Mol. Genet. 22, 1816–1825.
  8. ^ a b v d Schettini, J., Hornung, T., Holterman, D. va Spetzler, D. (2014). Biomarker kompozitsiyalari va usullari.
  9. ^ a b v d Seto, M., Tagawa, H., Yoshida, Y. va Kira, S. (2008). Xatarli limfoma diagnostikasi va prognozi usullari.
  10. ^ a b v d Zarbl, H. va Grem, J. (2014). Saraton kasalligini aniqlashning yangi usuli va prognozi va terapiyaga javobni bashorat qilish.
  11. ^ a b v NCBI (Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi) Nukleotid
  12. ^ a b v NCBI (Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi) Gen
  13. ^ NCBI (Biotexnologiya bo'yicha Milliy Markaz) AceView [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/IEB/Research/Acembly/]
  14. ^ a b v d e f g h men j k l m n o p q r s t siz v w x Ansambl
  15. ^ a b v GeneCards [http://www.genecards.org/]
  16. ^ a b v d e f g h UniProt [http://www.uniprot.org/uniprot/]
  17. ^ a b NetPhos. ExPASy BioInformatics Resurs Portali [http://expasy.org/]
  18. ^ a b GPS-SUMO. ExPASy BioInformatics Resurs Portali [http://expasy.org/]
  19. ^ a b GPS-lipid. ExPASy BioInformatics Resurs Portali [http://expasy.org/]
  20. ^ a b YinOYang. ExPASy BioInformatics Resurs Portali [http://expasy.org/]
  21. ^ NCBI BLAST (Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi Asosiy mahalliy tekislashni qidirish vositasi ) [http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi]
  22. ^ Vaqt daraxti [http://www.timetree.org/]
  23. ^ SDSC (San-Diego superkompyuter markazi) Biology Workbench. BOXSHADE [http://workbench.sdsc.edu/]
  24. ^ SDSC (San-Diego superkompyuter markazi) Biology Workbench. ClustalW bir nechta ketma-ketlikni tekislash [http://workbench.sdsc.edu/]
  25. ^ Izoelektrik nuqtani aniqlash. Biologiya WorkBench [http://workbench.sdsc.edu]
  26. ^ Ansambl
  27. ^ UniProt [http://www.uniprot.org/uniprot/]
  28. ^ a b Proteinni bashorat qiling. [Https://www.predictprotein.org/]
  29. ^ PELE. SDSC Biology Workbench [http://workbench.sdsc.edu/]
  30. ^ SOSUI. ExPASy BioInformatics Resurs Portali [http://expasy.org/]
  31. ^ Sirli ExPASy BioInformatics Resurs Portali [http://expasy.org/]
  32. ^ STRING 10: Ma'lum va bashorat qilingan protein-oqsillarning o'zaro ta'siri. [http://string-db.org/]
  33. ^ Barrett T, Wilhite SE, Ledoux P, Evangelista C, Kim IF, Tomashevskiy M va boshq. (2013). "(Yanvar 2013)." NCBI GEO: funktsional genomika ma'lumotlar to'plamining arxivi - yangilanish"". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 41 (Ma'lumotlar bazasi muammosi): D991-5. doi:10.1093 / nar / gks1193. PMC 3531084. PMID 23193258.
  34. ^ a b Genomatix. ElDorado. [Https://www.genomatix.de/cgi-bin//eldorado/eldorado.pl]
  35. ^ dbSNP NCBI (Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi) Asosiy mahalliy tekislashni qidirish vositasi) [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP]

Qo'shimcha o'qish