WikiDer > Retrovirus psi qadoqlash elementi

Retroviral psi packaging element
Inson immunitet tanqisligi virusining 1-turi dimerizatsiyasini boshlash joyi
RF00175.jpg
Bashorat qilingan ikkilamchi tuzilish va ketma-ketlikni saqlash OIV-1_DIS
Identifikatorlar
BelgilarOIV-1_DIS
Alt. BelgilarRetroviral_psi
RfamRF00175
Boshqa ma'lumotlar
RNK turiCis-regp
Domen (lar)Viruslar
SOSO: 0000233
PDB tuzilmalarPDBe

The retrovirus psi qadoqlash elementi, deb ham tanilgan Ψ RNK qadoqlash signali, a cis-aktyor RNK genomlarida aniqlangan element retroviruslar Inson immunitet tanqisligi virusi (OIV)[1] va Simian immunitet tanqisligi virusi (SIV).[2] U retrovirusli RNK genomini virusga qadoqlashning muhim jarayonini tartibga solishda ishtirok etadi kapsid replikatsiya paytida.[3][4][5][6] Oxirgi virion tarkibiga a kiradi dimer ikkitasi bir xil aniqlanmagan virusli genomning nusxalari.

Retrovirus psi qadoqlash elementini o'z ichiga olgan 3D tasvir. Bu o'pish davri dimerida OIV-1 dimerizatsiyasini boshlash joyining eritma RNK tuzilishi modeli.[7]

OIV-da psi elementi 80-150 atrofida nukleotidlar uzunlikda va joylashgan 5 'tugadi genomining faqat yuqorida oqimida gag boshlash kodon.[8] To'rt kishidan iborat bo'lgan ma'lum bo'lgan ikkinchi darajali tuzilishga ega soch turmalari SL1 dan SL4 deb nomlangan (SL uchun Ildiz halqasi) nisbatan qisqa bog'lovchilar bilan bog'langan. Barcha to'rtta ilmoqlar genomning qadoqlanishi va har bir ildiz ko'chadan SL1 uchun muhimdir,[8] SL2,[9] SL3 [10][11] va SL4 [12] mustaqil ravishda ifodalangan va tarkibiy jihatdan tavsiflangan.

Ildiz halqasi 1 (SL1) (OIV-1_DIS deb ham yuritiladi) a dan iborat saqlanib qolgan a bilan soch tolasi tuzilishi palindromik Mutagenez tomonidan bashorat qilingan va tasdiqlangan pastadir ketma-ketligi.[13] Ushbu palindromik tsikl asosiy dimerni boshlash joyi (DIS) deb nomlanadi, chunki u "o'pish dimeri" oralig'ini shakllantirish orqali virus genomining dimerizatsiyasini kuchaytiradi.[14] The Rfam ko'rsatilgan tuzilish kovariatsiya modeliga asoslangan.

SL1 ikkilamchi bo'lishi mumkinligi ko'rsatilgan majburiy sayt virusli Rev oqsili uchun.[15] Rev oqsili - bu taqsimlanmagan virusli RNKning barqarorligi va transportini oshiradigan OIVning muhim tartibga soluvchi oqsilidir.[16]

Stem-loop 2 (SL2) (shuningdek, OIV-1 SD deb ham ataladi) yuqori konservatsiyalangan 19 ntlik ildiz tsiklidan iborat bo'lib, u mutagenez orqali OIV-1 mRNKlarining qo'shilish samaradorligini modulyatsiya qilish uchun ko'rsatilgan.[17]

Stem-loop 3 (SL3) taxmin qilingan va tasdiqlangan 14 nt balandlikdagi pastadirdan iborat. mutagenez va mass-spektrometrik aniqlash (MS3D). OIV-1 SL3 o'z-o'zidan heterolog RNKni virusga o'xshash zarrachalarga kiritish uchun etarli, ammo uning o'zi o'chirish to'liq yo'q qilmaydi qamrab olish.[17]

Stem-loop 4 (SL4) juda past darajada saqlanib qolgan 14 nt dastagidan iborat bo'lib, uning pastki qismida joylashgan gag kodonni boshlang. Tuzilishi tomonidan tasdiqlangan mutagenez va bor NMR va mass-spektrometrik aniqlash (MS3D).[17] Shuningdek, u kodlash va bo'lishi mumkin kodlamaslik rollar.

Adabiyotlar

  1. ^ Lever A, Gottlinger H, Haseltine V, Sodroski J (1989). "Viruslarga inson immunitet tanqisligi virusi 1-turdagi RNKni samarali qadoqlash uchun zarur bo'lgan ketma-ketlikni aniqlash". J Virol. 63 (9): 4085–4087. doi:10.1128 / JVI.63.9.4085-4087.1989. PMC 251012. PMID 2760989.
  2. ^ Strappe PM, Greatorex J, Tomas J, Biswas P, McCann E, Lever AM (2003). "Simian immunitet tanqisligi virusining qadoqlash signali RNK qopqog'i joyidan odamning immunitet tanqisligi virusi 1 va 2 tipidagi kabi masofada joylashgan asosiy qo'shilish donorining yuqori qismida joylashgan". J Gen Virol. 84 (9): 2423–2430. doi:10.1099 / vir.0.19185-0. PMID 12917463.
  3. ^ McBride MS, Panganiban AT (1997). "Insonning immunitet tanqisligi virusining 1-turi RNK inkapsidatsiyasi uchun muhim bo'lgan funktsional soch tokchalarining pozitsiyaga bog'liqligi in vivo". J. Virol. 71 (3): 2050–2058. doi:10.1128 / JVI.71.3.2050-2058.1997. PMC 191293. PMID 9032337.
  4. ^ McBride MS, Shvarts MD, Panganiban AT (1997). "Odamlarning immunitet tanqisligi virusining 1-tipli vektorlarini samarali ravishda inkassidatsiyasi va qamrab olish uchun zarur bo'lgan sis elementlarini yanada tavsiflash". J. Virol. 71 (6): 4544–4554. doi:10.1128 / JVI.71.6.4544-4554.1997. PMC 191676. PMID 9151848.
  5. ^ McBride MS, Panganiban AT (1996). "Inson immunitet tanqisligi virusining 1-turi qamrab olinadigan joy - bu ko'p qirrali RNK elementi bo'lib, u soch tolasi funktsional tuzilmalaridan iborat". J. Virol. 70 (5): 2963–2973. doi:10.1128 / JVI.70.5.2963-2973.1996. PMC 190155. PMID 8627772.
  6. ^ Lever AM (2007). OIV-1 RNK qadoqlash. Adv. Farmakol. Farmakologiyaning yutuqlari. 55. 1-32 betlar. doi:10.1016 / S1054-3589 (07) 55001-5. ISBN 978-0-12-373610-9. PMID 17586311.
  7. ^ Baba S, Takahashi K, Noguchi S, Takaku H, Koyanagi Y, Yamamoto N, Kavay G (2005). "O'sish davri va kengaytirilgan dupleksli dimerlarda OIV-1 dimerizatsiyasini boshlash joyining eritmasi RNK tuzilmalari". J biokimyo. 138 (5): 583–592. doi:10.1093 / jb / mvi158. PMID 16272570.
  8. ^ a b Lourens DC, Stover CC, Noznitskiy J, Vu Z, Summers MF (2003). "OIV-1 Psi-RNK stl-loop SL1 buzilmagan poyasi va bo'rtmasi". J. Mol. Biol. 326 (2): 529–542. doi:10.1016 / S0022-2836 (02) 01305-0. PMID 12559920.
  9. ^ Amarasinghe GK, De Guzman RN, Tyorner RB, Kantsler KJ, Vu ZR, Summers MF (2000). "PSI-RNK qadoqlash signalining SL2 dastasi bilan bog'langan OIV-1 nukleokapsid oqsilining NMR tuzilishi. Genomni aniqlashga ta'siri". J. Mol. Biol. 301 (2): 491–511. doi:10.1006 / jmbi.2000.3979. PMID 10926523.
  10. ^ Zeffman A, Xassard S, Varani G, Lever A (2000). "OIV-1ni qadoqlashning asosiy signali - bu kengaytirilgan bo'g'inli ilmoq bo'lib, uning tuzilishi Gag poliproteini bilan o'zaro ta'sirida o'zgargan". J Mol Biol. 297 (4): 877–893. doi:10.1006 / jmbi.2000.3611. PMID 10736224.
  11. ^ Pappalardo L, Kerwood DJ, Pelczer I, Borer PN (1998). "OIV-1ni qadoqlash uchun zarur bo'lgan RNK soch tolasini uch o'lchovli katlama". J. Mol. Biol. 282 (4): 801–818. doi:10.1006 / jmbi.1998.2046. PMID 9743628.
  12. ^ Kerwood DJ, Cavaluzzi MJ, Borer PN (2001). "OIV-1 qadoqlash signalidan SL4 RNKning tuzilishi". Biokimyo. 40 (48): 14518–14529. doi:10.1021 / bi0111909. PMID 11724565.
  13. ^ Berxut, B; Van Vamel, JL (1996). "Inson immunitet tanqisligi virusining 1-turini ko'paytirishda DIS soch qisqichining roli". Virusologiya jurnali. 70 (10): 6723–6732. doi:10.1128 / JVI.70.10.6723-6732.1996. PMC 190715. PMID 8794309.
  14. ^ Skripkin, E .; Paillart, J. C .; Marquet, R .; Ehresmann, B.; Ehresmann, C. (1994). "In vitro RNK dimerizatsiyasining 1-turi odam immunitet tanqisligi virusining asosiy joyini aniqlash". Amerika Qo'shma Shtatlari Milliy Fanlar Akademiyasi materiallari. 91 (11): 4945–4949. Bibcode:1994 yil PNAS ... 91.4945S. doi:10.1073 / pnas.91.11.4945. PMC 43906. PMID 8197162.
  15. ^ Gallego J, Greatorex J, Zhang H va boshq. (2003). "Rev ayniqsa, OIV-1 etakchisi RNKning SL1 mintaqasidagi purin tsikli bilan bog'lanadi". J. Biol. Kimyoviy. 278 (41): 40385–40391. doi:10.1074 / jbc.M301041200. PMID 12851400.
  16. ^ Felber, B. K .; Xadzopulu-Kladas, M.; Kladas, C .; Kopeland, T .; Pavlakis, G. N. (1989). "Inson immunitet tanqisligi virusining 1-turi rev oqsillari virusli mRNKning barqarorligi va transportiga ta'sir qiladi". Amerika Qo'shma Shtatlari Milliy Fanlar Akademiyasi materiallari. 86 (5): 1495–1499. Bibcode:1989 yil PNAS ... 86.1495F. doi:10.1073 / pnas.86.5.1495. PMC 286723. PMID 2784208.
  17. ^ a b v Abbink, T. E. M.; Berkhout, B. (2007). "RNK tuzilishi inson immunitet tanqisligi virusining 1-turi asosiy qo'shilish donorida qo'shilish samaradorligini modulyatsiya qiladi". Virusologiya jurnali. 82 (6): 3090–3098. doi:10.1128 / JVI.01479-07. PMC 2258995. PMID 18160437.

Tashqi havolalar