WikiDer > TMEM171

TMEM171
TMEM171
TMEM171 Structure Model.png
Identifikatorlar
TaxalluslarTMEM171, PRP2, transmembran oqsili 171
Tashqi identifikatorlarMGI: 2685751 HomoloGene: 18301 Generkartalar: TMEM171
Gen joylashuvi (odam)
Xromosoma 5 (odam)
Chr.Xromosoma 5 (odam)[1]
Xromosoma 5 (odam)
TMEM171 uchun genomik joylashuv
TMEM171 uchun genomik joylashuv
Band5q13.2Boshlang73,120,569 bp[1]
Oxiri73,131,809 bp[1]
Ortologlar
TurlarInsonSichqoncha
Entrez

134285

380863

Ansambl

ENSG00000157111

ENSMUSG00000052485

UniProt

Q8WVE6

Q4KL18

RefSeq (mRNA)

NM_001161342
NM_173490

NM_001025606
NM_001373965

RefSeq (oqsil)

NP_001154814
NP_775761

NP_001020777
NP_001360894

Joylashuv (UCSC)Chr 5: 73.12 - 73.13 MbChr 13: 98.69 - 98.69 Mb
PubMed qidirmoq[3][4]
Vikidata
Insonni ko'rish / tahrirlashSichqonchani ko'rish / tahrirlash

Transmembran oqsili 171 (TMEM171) - bu a oqsil odamlarda kodlanganligi TMEM171 gen.[5]

Gen

Umumiy xususiyatlar

TMEM171 PRP2 yoki prolinga boy oqsil 2 deb ham ataladi. Uning tarkibida 11,526 ta asosiy juftlik va 4 ta ekzons mavjud va ularning uzun qo'l qismida joylashgan. xromosoma 5, 5q13.2 da, odamlarda.[6] U ortiqcha yo'nalish bo'yicha 73,120,292 dan 73,131,817 gacha. Uning yon tomoni FCHO2 va TNPO1 yuqori oqim va TMEM174 quyi oqim.[6]

Targ'ibotchi

Prognoz qilingan mintaqa (GXP_7598) 2034 taglik juftni tashkil etadi va birinchi eksondan o'tib ketadi. TMEM171.[7] Promotor mintaqaga bog'lanishi taxmin qilingan transkripsiya omillariga p63 o'simta oqsili, CCCTC biriktiruvchi omillar, TATA biriktiruvchi omillar va qalqonsimon gormon retseptorlari kiradi.[8]

Ifoda

TMEM171 mo''tadil va differentsial tarzda ifodalanadi, bu uning na uy xo'jaligi geni va na to'qima bilan boyitilgan gen ekanligini ko'rsatadi.[9][10] Uning ifodasi qalqonsimon bez, sut bezlari, oshqozon, o'n ikki barmoqli ichak va buyrakda yuqori bo'ladi. Shuningdek, u taloq, yonbosh ichak, yo'g'on ichak, tuprik bezini o'z ichiga olgan to'qimalarda mo''tadil darajada ifodalanadi va boshqa turli xil to'qimalarda past darajalarda namoyon bo'ladi.[11] Ning shartli ifoda naqshlari TMEM171 papiller tiroid karsinomasi, yo'g'on ichak saratoni va oshqozon saratonida ekspressionning pasayishini, shuningdek p63-tükenmiş to'qimalarda va indüklenen alveolyar makrofaglarda ekspresyonun ko'payishini o'z ichiga oladi.[12][13][14][15][16]

Oddiy to'qimalarni tanlashda TMEM171 ning ifoda profili

mRNA

TMEM171 1, 2 va X1 izoformalariga ega, ularning har biri 4 eksondan iborat.[5] 3 ta transkriptlar navbatma-navbat kadrlar ichidagi qo'shilishdan o'tadi va 324, 323 va 305 aminokislotalar bilan oqsillarga tarjima qilinadi.[17][18][19]

RNK bilan bog'langan oqsillar

5 'tarjima qilinmagan mintaqada bog'lanish uchun saytlar mavjud SFRS1 va SFRS9 biriktiruvchi omillar va FUS, qaysi transkripsiya va qo'shilish juftliklari. 3 'tarjima qilinmagan mintaqada bog'lanish uchun saytlar mavjud ELAVL1 va ZFP36ikkalasi ham AUga boy elementlarni bog'laydi va mRNKni barqarorlashtirish yoki barqarorlashtirish uchun raqobatlashishi mumkin.[20]

Oqsil

Umumiy xususiyatlar

Eng uzun oqsil izoform TMEM171 ning uzunligi 324 ta aminokislotadir va kuzatilgan molekulyar og'irligi taxminan 44 kDa.[17][21] TMEM171 umuman kislotali oqsil bo'lib, bashorat qilingan izoelektrik nuqta taxminan 5 ga teng.[22]

Tarkibi

TMEM171 tarkibida odam oqsilida kutilganidan kamroq lizin qoldiqlari mavjud.[23] Uning taxallusi prolinga boy oqsil 2 bo'lishiga qaramay, odamlarda TMEM171 prolin qoldiqlariga kutilganidan ko'proq ega emas; ammo unda 6 ta prolin qoldig'ining ko'pligi bor. Bundan uzoqroq ortologlar, shu jumladan Xenopus tropicalis, prolin qoldiqlari kutilganidan ancha ko'p. TMEM171 transmembran mintaqalariga to'g'ri keladigan 3 ta hidrofobik segmentga ega.[23]

Domenlar va motiflar

TMEM171-ning sxematik tasviri, domenlari va tarjimadan keyingi modifikatsiyalari.

TMEM171 pfam15471 (aa4: 318) saqlanadigan domeniga ega, uning tuzilishi va funktsiyasi hali tavsiflanmagan.[5] Domen ichida 4 ta transmembranali domenlar, 2 ta sitosolik bo'lmagan domenlar va 3 ta sitosolik domenlar mavjud.

Tuzilishi

TMEM171 tuzilishi taxminan 25% beta-strand va 15% alfa spirallardan iborat bo'lib, strukturaning qolgan qismini spirallar va tartibsiz hududlar tashkil etadi.[24] Uchinchi darajali tuzilishga sitozol bo'lmagan sohalarda yuqori konservalangan sistein qoldiqlari o'rtasida yuzaga keladigan taxmin qilingan 2 ta disulfid ko'prigi kiradi.[25]

4 ta transmembrana (binafsha), 3 ta sitosolik (ko'k) va 2 ta sitosolik bo'lmagan (qizil) domenlarga ega TMEM171 ning taxmin qilingan tuzilishi. I-TASSER tomonidan bashorat qilingan va EzMol bilan ko'rib chiqilgan.[26][27]

Tarjimadan keyingi modifikatsiyalar

TMEM171 metionin parchalanishiga va N-terminaliga uchraydi atsetilatsiya, bu eukaryotik oqsillarning eng keng tarqalgan modifikatsiyalaridan biridir.[28] N bilan bog'langan glikosilatsiya sitosolik bo'lmagan domen ichida yuqori darajada saqlanib qolgan NETD ketma-ketligida bashorat qilinadi.[29] S-palmitoylyatsiya, bu sirt hidrofobligi va membrana yaqinligini kuchaytiradi, TMEM171 da 2 ta sitosolik sistein qoldiqlarida bashorat qilinadi.[30] TMEM171 bir nechta joylarda aniqlanmagan kinazlar tomonidan fosforillanadi.[31] Shuningdek, u 4 ta joyda O-ß-GlcNAc modifikatsiyasini o'tkazadi, ulardan 3 tasi O-ß-GlcNAc modifikatsiyasi va oqsillarni faollashuvi yoki deaktivatsiyasini boshqarish uchun raqobatdosh bo'lganligi sababli Yin-Yang joylari.[32]

TMEM171-ning kontseptual tarjimasi, tarjimadan keyingi taxmin qilingan modifikatsiyalari bilan.

Mahalliylashtirish

TMEM171 ning taxmin qilingan joylashuvi plazma membranasida, ikkala N- va C-termini hujayra ichida joylashgan.[33][34]

O'zaro ta'sir qiluvchi oqsillar

Asosida TMEM171 bilan ta'sir o'tkazish ehtimoli yuqori bo'lgan oqsillar yaqinlik xromatografiyasi va ikkita gibrid qator mavjud MIER1, EMSY, CHPT1, HDLBP, NEDD4, WWOXva TTHY3.[35] TMEM171 an MIER1 o'rtasida to'g'ridan-to'g'ri ta'sir o'tkazish uchun kuchli dalillar mavjud, bu markaziy hipotiroidizm bilan bog'liq bo'lgan transkripsiyali repressor.[36]

Klinik ahamiyati

TMEM171 past tartibga solingan papiller tiroid karsinomasi va ikkitasi SNPlar, sinonim bo'lmagan mutatsiyalar R86G va N139K bilan papiller tiroid karsinomasi uchun xavfli SNPlar aniqlanadi. [37][38][39] TMEM171 oshqozon saratoni va yo'g'on ichak saratonida ham past darajada tartibga solinadi. [13][14] Aniqrog'i, u odatda yaxshi prognozga ega bo'lgan chap tomondagi yo'g'on ichak saratoniga nisbatan o'ng tomonlama yo'g'on ichak saratonida pastga qarab tartibga solinadi.[40] Buyrak saratonida TMEM171 ning yuqori ekspresi qulay prognostik belgidir.[41] . Uch marta salbiy ko'krak bezi saratoni hujayralarida immunoaktivatsiya o'sma nekrozi omil alfa (TNFa) TMEM171-ni tartibga solishi aniqlandi.[42]

Evolyutsiya

TMEM171 imzolariga ega tanlovni muvozanatlashtirish, bu polimorfizm va oraliq chastotali allellarning sezilarli darajada ko'pligini o'z ichiga oladi.[43]

Gomologiya

TMEM171-da yo'q paraloglar yoki paralogous domains. TMEM171-da 208 ta aniqlangan ortolog mavjud.[5] Barcha ortologlar umurtqali hayvonlar, shu jumladan sutemizuvchilar, amfibiyalar, sudralib yuruvchilar, qushlar, lobli baliqva xaftaga tushadigan baliqlar. Quyidagi jadvalda TMEM171 ortologik makonining namunasi keltirilgan.

Tur va turlarNCBI kirish raqamiAjralish sanasi (MYA)[44]Tartib uzunligiKetma-ket identifikatsiya[45]
Homo sapiens (Inson)NP_775761.40324100%
Pan trogloditlari (Shimpanze)XP_009447304.1632499%
Saimiri boliveiensis (Qora qalpoqli sincap maymuni)XP_010334830.1 42.632491%
Muskul mushak (Sichqoncha)XP_006517772.18832375%
Myotis lucifugus (Kichik jigarrang ko'rshapalak)XP_006081400.19432582%
Vulpes vulpes (Tulki)XP_025838976.19432173%
Chrysochloris asiatica (Cape oltin mol)XP_006875335.1 10232673%
Sarcophilus harrisii (Tasmaniya shaytoni)XP_003759514.116033267%
Empidonax traillii (Willow flycatcher)XP_027739189.132033352%
Anas platyrhynchos (Mallard)XP_027302666.1 32033047%
Xenopus tropicalis (G'arbiy tirnoqli qurbaqa)XP_012815192.135333254%
Rhincodon typus (Kit akulasi)XP_020374629.1  46531136%
Callorhinchus milii (Avstraliyalik arvoh akula; fil baliqlari)XP_007898003.146529331%

Adabiyotlar

  1. ^ a b v GRCh38: Ensembl relizi 89: ENSG00000157111 - Ansambl, 2017 yil may
  2. ^ a b v GRCm38: Ensembl relizi 89: ENSMUSG00000052485 - Ansambl, 2017 yil may
  3. ^ "Human PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
  4. ^ "Sichqoncha PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
  5. ^ a b v d Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi. "Transmembran oqsili 171". NCBI Gen.
  6. ^ a b Weizmann Ilmiy Instituti. "TMEM171 Gen". Gen kartalari Inson genlari ma'lumotlar bazasi.
  7. ^ Intrexon Bioinformatics Germany GmbH. "El Dorado: Genomga izoh va brauzer". Genomatix Software Suite.
  8. ^ Intrexon Bioinformatics Germany GmbH. "MatInspector". Genomatix Software Suite.
  9. ^ She X, Rohl CA, Castle JC, Kulkarni AV, Jonson JM, Chen R (iyun 2009). "Uy xo'jaligi va to'qimalarga boy genlarning ta'rifi, konservatsiyasi va epigenetikasi". BMC Genomics. 10 (1): 269. doi:10.1186/1471-2164-10-269. PMC 2706266. PMID 19534766.
  10. ^ Dezso Z, Nikolskiy Y, Sviridov E, Shi V, Serebriyskaya T, Dosymbekov D va boshq. (2008 yil noyabr). "Inson geni ekspressionining to'qima o'ziga xosligini kompleks funktsional tahlil qilish". BMC biologiyasi. 6 (1): 49. doi:10.1186/1741-7007-6-49. PMC 2645369. PMID 19014478.
  11. ^ Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi (NCBI). "GDS3834 profili". Genni ifodalash Omnibus (GEO) profillari.
  12. ^ Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi (NCBI). "GDS1665 ifoda profili". Genni ifodalash omnibus ombori.
  13. ^ a b Hao S, Lv J, Yang Q, Vang A, Li Z, Guo Y, Chjan G (aprel 2019). "Odamning me'da saratonida asosiy genlarni va doiraviy RNKlarni aniqlash". Tibbiyot fanlari monitori. 25: 2488–2504. doi:10.12659 / MSM.915382. PMC 6463957. PMID 30948703.
  14. ^ a b Yang, Vanli; Ma, Jiaojiao; Chjou, Vey; Li, Zichao; Chjou, Sin; Cao, Bo; Chjan, Yujie; Lyu, Tszinyan; Yang, Zhiping (2018-12-27). "Bioinformatik tahlil asosida hub genlarini aniqlash va yo'g'on ichak saratoni natijalarini aniqlash". Saraton kasalligini boshqarish va tadqiqotlar. 11: 323–338. doi:10.2147 / cmar.s173240. PMC 6312054. PMID 30643458.
  15. ^ Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi (NCBI). "GDS2534 ifoda profili". Genni ifodalash omnibus ombori.
  16. ^ Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi (NCBI). "GDS4419 ifoda profili". Genni ifodalash omnibus ombori.
  17. ^ a b Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi. "Transmembran oqsili 171 izoform 1". NCBI oqsili.
  18. ^ Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi. "Transmembran oqsili 171 izoform 2". NCBI oqsili.
  19. ^ Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi. "Transmembran oqsili 171 izoform X1". NCBI oqsili.
  20. ^ "RBPDB: RNK bilan bog'langan oqsilning o'ziga xos xususiyatlari ma'lumotlar bazasi".
  21. ^ "Anti-TMEM171 antitelasi". Sigma-Aldrich.
  22. ^ Shveytsariya bioinformatika instituti. "Hisoblash pI / Mw vositasi". ExPASy.
  23. ^ a b Evropa molekulyar biologiya laboratoriyasi - Evropa bioinformatika instituti (EMBL-EBI). "Proteinlar ketma-ketligini statistik tahlil qilish (SAPS)".
  24. ^ "SOPMA ikkilamchi tuzilishini taxmin qilish usuli". Prabi.
  25. ^ Mashinalarni o'rganish va asab tarmoqlari guruhi. "Disulfind".
  26. ^ Michigan universiteti. "I-TASSER oqsillari tarkibi va funktsiyasi bashoratlari". Chjan laboratoriyasi.
  27. ^ Reynolds CR, Islom SA, Sternberg MJ (iyul 2018). "EzMol: oqsil va nuklein kislotasi tuzilmalarini tezkor vizuallashtirish va tasvir ishlab chiqarish uchun veb-server ustasi". Molekulyar biologiya jurnali. 430 (15): 2244–2248. doi:10.1016 / j.jmb.2018.01.013. PMC 5961936. PMID 29391170.
  28. ^ "N-asetilatsiya va metioninni dastlabki prognozi". Terminus.
  29. ^ "NetNGlyc 1.0 Server". DTU Bioinformatika: Bio va sog'liqni saqlash informatika kafedrasi.
  30. ^ Kuku ishchi guruhi. "CSS-Palm: Palmitoylyatsiya joyini bashorat qilish".
  31. ^ Blom, Nikolay. "Net Phos 3.1 Server". DTU Bioinformatika.
  32. ^ Gupta, Ramneek. "YinOYang1.2". DTU Bioinformatika.
  33. ^ Yachdav, D. va Rost, B. "Proteinni bashorat qilish".CS1 maint: bir nechta ism: mualliflar ro'yxati (havola)
  34. ^ "Fobiya". Stokgolm bioinformatika markazi.
  35. ^ Calderone A, Castagnoli L, Cesareni G (avgust 2013). "mentha: oqsillarning o'zaro ta'sirlashadigan tarmoqlarini ko'rib chiqish uchun manba". Tabiat usullari. 10 (8): 690–1. doi:10.1038 / nmeth.2561. PMID 23900247. S2CID 9733108.
  36. ^ Weizmann Ilmiy Instituti. "MIER1Gene". Gen kartalari.
  37. ^ Zhao H, Li H (iyun 2018). "Papiller tiroid saratoni uchun biomarkerlarni aniqlashda tarmoq asosida meta-tahlil". Gen. 661: 160–168. doi:10.1016 / j.gene.2018.03.096. PMID 29625265.
  38. ^ Nikolova DN, Zembutsu H, Sechanov T, Vidinov K, Kee LS, Ivanova R va boshq. (2008 yil iyul). "Qalqonsimon karsinomaning genom bo'yicha gen ekspression profillari: Tiroid karsinomasini davolash uchun molekulyar maqsadlarni aniqlash". Onkologik hisobotlar. 20 (1): 105–21. doi:10.3892 / yoki.20.1.105. PMID 18575725.
  39. ^ Qiu J, Zhang V, Xia Q, Liu F, Zhao S, Zhang K va boshq. (2017 yil noyabr). "Qalqonsimon bez papirusli karsinomasining mexanizmlarini transkriptomlar yordamida o'rganish". Molekulyar tibbiyot bo'yicha hisobotlar. 16 (5): 5954–5964. doi:10.3892 / mmr.2017.7346. PMC 5865774. PMID 28849102.
  40. ^ Su S, Chjao J, Xong X, Yang S, Tszyan Y, Xou J (noyabr 2019). "COL11A1 va TWIST1 mikroelementlarga asoslangan tahlillari, chap va o'ng tomonlama yo'g'on ichak saratoni o'rtasida muhim differentsial ifoda etilgan patogen genlar". Molekulyar tibbiyot bo'yicha hisobotlar. 20 (5): 4202–4214. doi:10.3892 / mmr.2019.10667. PMC 6797952. PMID 31545476.
  41. ^ "Buyrak saratonida TMEM171 ekspressioni - inson oqsil atlasi". www.proteinatlas.org. Olingan 2020-04-10.
  42. ^ Bauer D, Mazzio E, Soliman KF (2019). "TNFa immunologik faol MDA-MB-231 ko'krak bezi saratoni hujayralarida apigeninning to'liq transkriptomik tahlili". Saraton Genomikasi va Proteomikasi. 16 (6): 421–431. doi:10.21873 / cgp.2014. PMC 6885362. PMID 31659097.
  43. ^ Andres AM, Hubisz MJ, Indap A, Torgerson DG, Degenhardt JD, Boyko AR va boshq. (2009 yil dekabr). "Inson genomidagi seleksiyani muvozanatlashtirish maqsadlari". Molekulyar biologiya va evolyutsiya. 26 (12): 2755–64. doi:10.1093 / molbev / msp190. PMC 2782326. PMID 19713326.
  44. ^ Temple universiteti bioxilma-xillik markazi. "Bir-biridan ajralib chiqish vaqti". Timetree: Hayotning vaqt o'lchovi.
  45. ^ Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi. "Standart oqsillarni portlatish".