WikiDer > Transkripsiya faktorini bog'laydigan sayt ma'lumotlar bazalari

Transcription factor binding site databases

Identifikatsiyalash genomik tartibga solish elementlar rivojlanish, fiziologik va patologik jarayonlarning dinamikasini tushunish uchun juda muhimdir. Yaqinda erishilgan yutuqlar xromatin immunoprecipitatsiyasi keyin ketma-ketlik (ChIP-seq) genom bo'yicha profillashni aniqlashning kuchli usullarini taqdim etdi DNK bilan bog'langan oqsillar va histon o'zgartirishlar.[1][2] ChIP-seq usullarini qo'llash transkripsiya faktorini bog'lash joylari va giston modifikatsiyalash joylarini ishonchli kashf etdi.

Transkripsiya faktorini bog'laydigan sayt ma'lumotlar bazalari

ChIP-seq ma'lumotlariga asoslangan transkripsiya omillarini bog'laydigan saytlar (TFBS) ma'lumotlar bazalarining to'liq ro'yxati:

IsmTavsifturiHavolaAdabiyotlar
ChIPBaseChIPBase uchun ma'lumotlar bazasi Transkripsiya omillarini bog'laydigan saytlar, motiflari (~ 1290 transkripsiya omillari) va transkripsiyaviy regulyatsiyasini dekodlash LncRNAs, miRNAlar va 10 turdagi ChIP-seq usullaridan kelib chiqqan ~ 10,200 ta eng yuqori ma'lumot to'plamlaridan oqsillarni kodlovchi genlarma'lumotlar bazasiveb-sayt[3]
ChEAtranskripsiya faktorini boshqarish genom bo'yicha ChIP-X eksperimentlarini birlashtirishdan kelib chiqadi.ma'lumotlar bazasiveb-sayt[4]
CIS-BPmajburiy domenlar tomonidan chiqarilgan transkripsiya faktorini bog'laydigan saytlar modellarini yig'ish.ma'lumotlar bazasiveb-sayt[5]
CistromeMapChIP-Seq va uchun ma'lumotlar bazasi va veb-server DNase-Seq sichqonchani va odamni o'rganish.ma'lumotlar bazasiveb-sayt[6]
CTCFBSDBuchun ma'lumotlar bazasi CTCF majburiy saytlar va genom tashkilotima'lumotlar bazasiveb-sayt[7]
Faktorlar kitobitomonidan yaratilgan transkripsiya faktorini bog'laydigan ma'lumotlar uchun Wiki-ga asoslangan ma'lumotlar bazasi KODLASH konsortsium.ma'lumotlar bazasiveb-sayt[8]
hmChIPinson va sichqonchaning ChIP-seq va ChIP-chip ma'lumotlarini o'rganish uchun ma'lumotlar bazasi va veb-server.ma'lumotlar bazasiveb-sayt[9]
HOCOMOCOinson va sichqoncha transkripsiyasi omillarini bog'laydigan saytlar modellarining keng to'plami.ma'lumotlar bazasiveb-sayt[10]
JASPARJASPAR CORE ma'lumotlar bazasida tajribali ravishda belgilangan transkripsiya faktorini bog'lash joylari eukaryotlar uchun nashr etilgan to'plamlardan olingan, ortiqcha bo'lmagan profillar to'plami mavjud.ma'lumotlar bazasiveb-sayt[11][12]
MethMotifTranskripsiya faktorini bog'laydigan motiflarning hujayra uchun maxsus ma'lumotlar bazasi, DNK metillanish profillari bilan birlashtirilgan.ma'lumotlar bazasiveb-sayt[13]
Shveytsariyalik Regulontartibga soluvchi saytlarning genom-keng izohlari ma'lumotlar bazasi.ma'lumotlar bazasiveb-sayt[14]

Adabiyotlar

  1. ^ Park, Piter J. (1 oktyabr 2009). "ChIP-seq: etuk texnologiyalarning afzalliklari va muammolari". Genetika haqidagi sharhlar. 10 (10): 669–680. doi:10.1038 / nrg2641. ISSN 1471-0056. PMC 3191340. PMID 19736561.
  2. ^ Farnham, Peggi J. (1 sentyabr 2009). "Transkripsiya omillarining genomik profilidan tushunchalar". Genetika haqidagi sharhlar. 10 (9): 605–616. doi:10.1038 / nrg2636. ISSN 1471-0056. PMC 2846386. PMID 19668247.
  3. ^ Yang, Tszian-Xua; Li, Jun-Xao; Tszyan, Shan; Chjou, Xuy; Qu, Liang-Xu (2013 yil 1-yanvar). "ChIPBase: ChIP-Seq ma'lumotlaridan uzoq vaqt kodlamaydigan RNK va mikroRNK genlarining transkripsiyaviy regulyatsiyasini dekodlash uchun ma'lumotlar bazasi". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 41 (Ma'lumotlar bazasi muammosi): D177–187. doi:10.1093 / nar / gks1060. ISSN 1362-4962. PMC 3531181. PMID 23161675.
  4. ^ Laxmann, Aleksandr; Xu, Xuiley; Krishnan, Jayant; Berger, Set I.; Mazloom, Amin R.; Ma'ayan, Avi (2010 yil 1 oktyabr). "ChEA: transkripsiya koeffitsientini tartibga solish genom bo'yicha ChIP-X eksperimentlarini birlashtirish natijasida aniqlandi". Bioinformatika. 26 (19): 2438–2444. doi:10.1093 / bioinformatics / btq466. ISSN 1367-4811. PMC 2944209. PMID 20709693.
  5. ^ Veyrax, M. T .; Yang, A .; Albu, M.; Kot, A. G.; Chernogoriya-Montero, A.; Driv, P .; Najafabadi, H. S .; Lambert, S. A .; Mann, men.; Kuk, K .; Chjen X.; Gyote, A .; Van Bakel, X.; Lozano, J. C .; Galli, M .; Lyusi, M. G.; Xuang, E .; Mukherji, T .; Chen, X .; Reece-Hoyes, J. S .; Govindarajan, S .; Shaulskiy, G.; Walhout AJM; Bojet, F. Y .; Ratsch, G.; Larrondo, L. F.; Ekker, J. R .; Xyuz, T. R. (2014). "Eukaryotik transkripsiya omillari ketma-ketligining o'ziga xosligini aniqlash va xulosa qilish". Hujayra. 158 (6): 1431–1443. doi:10.1016 / j.cell.2014.08.009. PMC 4163041. PMID 25215497.
  6. ^ Qin, Bo; Chjou, Men; Ge, Ying; Ting, Len; Liu, Tao; Vang, Qian; Vang, Su; Chen, Junsheng; Shen, Lingling; Duan, Xikun; Xu, Shengen; Li, Vey; Uzoq, Genri; Chjan, Yong; Liu, X. Shirli (2012 yil 15-may). "CistromeMap: sichqoncha va odamda ChIP-Seq va DNase-Seq tadqiqotlari uchun bilimlar bazasi va veb-server". Bioinformatika. 28 (10): 1411–1412. doi:10.1093 / bioinformatika / bts157. ISSN 1367-4811. PMC 3348563. PMID 22495751.
  7. ^ Zibart, Xese D.; Battacharya, Anindya; Cui, Yan (2013 yil 1-yanvar). "CTCFBSDB 2.0: CTCF-ni bog'laydigan saytlar va genomlarni tashkil qilish uchun ma'lumotlar bazasi". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 41 (Ma'lumotlar bazasi muammosi): D188–194. doi:10.1093 / nar / gks1165. ISSN 1362-4962. PMC 3531215. PMID 23193294.
  8. ^ Vang, Jie; Chjuan, Jiali; Ayyer, Sovmya; Lin, Sin-Ying; Greven, Melissa C.; Kim, Bong-Xyon; Mur, Jil; Pirs, Brayan G.; Dong, Sianjun; Virjil, Doniyor; Birni, Evan; Xun, Xuy-Xun; Veng, Zhiping (2013 yil 1-yanvar). "Factorbook.org: ENCODE konsortsiumi tomonidan yaratilgan transkripsiya faktori majburiy ma'lumotlari uchun Wiki-ga asoslangan ma'lumotlar bazasi". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 41 (Ma'lumotlar bazasi muammosi): D171–176. doi:10.1093 / nar / gks1221. ISSN 1362-4962. PMC 3531197. PMID 23203885.
  9. ^ Chen, Li; Vu, Jorj; Dji, Xongkay (2011 yil 15-may). "hmChIP: inson va sichqonchaning ommaviy foydalaniladigan ChIP-seq va ChIP-chip ma'lumotlarini o'rganish uchun ma'lumotlar bazasi va veb-server". Bioinformatika. 27 (10): 1447–1448. doi:10.1093 / bioinformatika / btr156. ISSN 1367-4811. PMC 3087956. PMID 21450710.
  10. ^ Kulakovskiy, Ivan V.; Vorontsov, Ilya E.; Yevshin, Ivan S.; Soboleva, Anastasiya V.; Kasianov, Artem S.; Ashur, Xaytam; Ba-Alaviy, Voy; Bajic, Vladimir B.; Medvedeva, Yuliya A.; Kolpakov, Fedor A.; Makeev, Vsevolod J. (2016 yil 4-yanvar). "HOCOMOCO: transkripsiya faktorini bog'laydigan joylar modellarini kollektsiyasini kengaytirish va takomillashtirish". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 44 (D1): D116-125. doi:10.1093 / nar / gkv1249. ISSN 1362-4962. PMC 4702883. PMID 26586801.
  11. ^ Sandelin, A; Alkema, V; Engström, P; Wasserman, WW; Lenxard, B (2004 yil 1-yanvar). "JASPAR: eukaryotik transkripsiya omillarini majburiy profillari uchun ochiq ma'lumotlar bazasi". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 32 (Ma'lumotlar bazasi muammosi): D91-4. doi:10.1093 / nar / gkh012. PMC 308747. PMID 14681366.
  12. ^ Xon, Aziz; Fornes, Oriol; Stigliani, Arna; Georgiy, Marius; Kastro-Mondragon, Xayme A.; van der Li, Robin; Bessi, Adrien; Cheneby, Jeanne; Kulkarni, Shubhada R.; Tan, Ge; Baranasich, Damir; Arenillas, Devid J.; Sandelin, Albin; Vandepoele, Klas; Lenxard, Boris; Ballester, Benoit; Vasserman, Vayt V.; Parsi, Fransua; Matele, Entoni (2017 yil 13-noyabr). "JASPAR 2018: transkripsiya faktori majburiy profillari va uning veb-ramkalarining ochiq ma'lumotlar bazasini yangilash". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 46 (D1): D260-D266. doi:10.1093 / nar / gkx1126. PMC 5753243. PMID 29140473.
  13. ^ Lin, Quy Xiao Xuan; Sian, Stefani; An, Omer; Thiffri, Denis; Jha, Sudxakar; Benoukraf, Touati (2018 yil 31 oktyabr). "MethMotif: DNK metilasyon profillari bilan birlashtirilgan transkripsiya omillarini bog'laydigan motiflarning integral hujayra uchun maxsus ma'lumotlar bazasi". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 47 (D1): D145-D154. doi:10.1093 / nar / gky1005. PMC 6323897. PMID 30380113.
  14. ^ Pachkov, Mixail; Balvits, Pyotr J.; Arnold, Fil; Ozonov, Evgeniy; van Nimvegen, Erik (2013 yil 1-yanvar). "SwissRegulon, tartibga soluvchi saytlarning genom bo'yicha izohlari ma'lumotlar bazasi: so'nggi yangilanishlar". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 41 (Ma'lumotlar bazasi muammosi): D214-220. doi:10.1093 / nar / gks1145. ISSN 1362-4962. PMC 3531101. PMID 23180783.