WikiDer > PPIB

PPIB
PPIB
Protein PPIB PDB 1cyn.png
Mavjud tuzilmalar
PDBOrtholog qidiruvi: PDBe RCSB
Identifikatorlar
TaxalluslarPPIB, CYP-S1, CYPB, HEL-S-39, OI9, SCYLP, peptidilprolil izomeraza B, B
Tashqi identifikatorlarOMIM: 123841 MGI: 97750 HomoloGene: 726 Generkartalar: PPIB
Gen joylashuvi (odam)
Xromosoma 15 (odam)
Chr.Xromosoma 15 (odam)[1]
Xromosoma 15 (odam)
Genomic location for PPIB
Genomic location for PPIB
Band15q22.31Boshlang64,155,812 bp[1]
Oxiri64,163,205 bp[1]
RNK ekspressioni naqsh
PBB GE PPIB 200968 s at fs.png

PBB GE PPIB 200967 at fs.png
Qo'shimcha ma'lumotni ifodalash ma'lumotlari
Ortologlar
TurlarInsonSichqoncha
Entrez

5479

19035

Ansambl

ENSG00000166794

ENSMUSG00000032383

UniProt

P23284

P24369

RefSeq (mRNA)

NM_000942

NM_011149

RefSeq (oqsil)

NP_000933

NP_035279

Joylashuv (UCSC)Chr 15: 64.16 - 64.16 MbChr 9: 66.06 - 66.07 Mb
PubMed qidirmoq[3][4]
Vikidata
Insonni ko'rish / tahrirlashSichqonchani ko'rish / tahrirlash

Peptidil-prolil sis-trans izomeraza B bu ferment tomonidan kodlangan PPIB gen.[5] Peptidil-prolil cis-trans izomeraza (PPIase) oilasi a'zosi sifatida bu oqsil katalizator cis-trans izomerizatsiya prolin imidic peptid bog'lari, bu unga protein katlamasini tartibga solish imkonini beradi kollagen I turi.[6][7] Umuman olganda, PPIazlar umuman mavjud eubakteriyalar va eukaryotlar, shuningdek, bir nechtasida arxebakteriyalarva shu tariqa yuqori darajada saqlanib qolgan.

Tuzilishi

Boshqalar singari siklofilinlar, PPIB a bilan barel strukturasini hosil qiladi hidrofob yadro. Ushbu β-barrel sakkizta anti-paralleldan tashkil topgan b-iplar va ikkitasi bilan yopilgan a-spirallar yuqori va pastki qismida. Bundan tashqari, iplarning burilishlari va halqalari bochkaning egiluvchanligiga yordam beradi.[8] Xususan, PPIB 21 kDa protein bo'lib, u tarkibida a C-terminali Proteinni ER ga yo'naltiradigan ERni ushlab turish motifi organelle, uning esa N-terminal kengaytma uni o'ziga biriktiradi substratlar.[7][9]

Funktsiya

PPIB peptidil-prolil sis-trans izomeraza a'zosi (PPIase) oila. PPIazlar katalizatsiyalashadi prolin imidik peptid bog'lanishlarining sis-trans izomerizatsiyasi va oqsilning katlanması va kamolotini tartibga soladi. Prolin ikkala tarkibida ma'lum bo'lgan yagona aminokislota cis va trans izomerizatsiya darajasi jonli ravishda, va ko'pincha proteinni qayta tiklashda tezlikni cheklovchi qadamdir.[10] PPIase oilasi, shuningdek, tarkibiy jihatdan ajralib turadigan uchta oilaga bo'linadi: siklofilin (CyP), FK506-biriktiruvchi oqsil (FKBP) va parvulin (Pvn).[11][12] Har bir oila PPIase faolligini namoyish qilsa-da, oilalarda tarkibiy o'xshashlik ketma-ketligi yo'q. Siklofilin sifatida PPIB bog'lanadi siklosporin A (CsA) va hujayra ichida bo'lishi yoki hujayra tomonidan ajratilishi mumkin.[9][13]

Inson PPIB

PPIB odamlarda aniqlangan 18 siklofilinning ikkinchisi, CypA dan keyin.[11][13] PPIB mahalliylashtiriladi endoplazmatik to'r (ER) va ko'plab biologik jarayonlarda, shu jumladan mitoxondriyada ishtirok etadi metabolizm, apoptoz, oksidlanish-qaytarilishva yallig'lanish, shuningdek, tegishli kasalliklar va sharoitlarda, masalan ishemik reperfuziya shikastlanishi, OITSva saraton.[9][14] Bu shuningdek virusli infektsiyalar bilan bog'liq. Eukaryotlarda siklofilinlar hamma joyda ko'p hujayra va to'qima turlariga joylashadi.[9][8] PPIaz va oqsildan tashqari chaperone faoliyati, siklofilinlar funktsiyasi mitoxondrial metabolizm, apoptoz, immunologik javob, yallig'lanishva hujayralar o'sishi va tarqalishi.[6][9][8] Bilan birga PPIC, PPIB mahalliylashtirishni endoplazmatik to'r (ER), qaerda saqlaydi oksidlanish-qaytarilish gomeostaz. Ushbu ikkita siklofilinning kamayishi ERning giperoksidlanishiga olib keladi.[15]

ERda PPIB P3H1, CRTAP, BiP, GRP94, PDI va kalretikulin kabi oqsillar bilan o'zaro ta'sir o'tkazib, katak va shaperon komplekslarini hosil qiladi va oqsillarni katlamasini osonlashtiradi, ayniqsa I tipdagi kollagen uchun.[16][17] Ushbu oqsil I tipdagi kollagen uchun asosiy PPIaza hisoblanadi, chunki kollagen tarkibida to'g'ri katlama uchun sis-trans izomerizatsiyasi talab qilinadigan ko'plab prolinlar mavjud. Shunday qilib, PPIB kollagen biosintezi va translyatsiyadan keyingi modifikatsiya uchun juda muhimdir va fibril birikmasi, matritsaning o'zaro bog'lanishi va suyak minerallashuviga ta'sir qiladi.[16]

Bundan tashqari, u sekretsiya yo'li bilan bog'liq va biologik suyuqliklarda ajralib chiqadi. Ushbu protein T- va B-limfotsitlardan olingan hujayralar bilan bog'lanishi mumkin va siklosporin A vositachiligida immunosupressiyani boshqarishi mumkin.[18] Bir tajribada, in vitro hujayra madaniyatiga PPIB qo'shilishi indüklendi kemotaksis va integral- T hujayralarining biriktirilishi hujayradan tashqari matritsa (ECM), bu uning ishlashini taklif qiladi tug'ma immunitet in vivo jonli infektsiyalangan to'qimalarga T hujayralarini jalb qilish orqali.[9]

Klinik ahamiyati

Tsiklophilin sifatida PPIB immunosupressiv preparatni CsA bilan bog'lab, CsA-siklofilin kompleksini hosil qiladi va keyinchalik uni maqsad qiladi kalsineurin T-hujayraning faollashuvi uchun signalizatsiya yo'lini inhibe qilish.

Yurak miogen hujayralarida siklofilinlarning issiqlik urishi va gipoksiya-reksigenatlanish, shuningdek murakkab issiqlik zarbasi oqsillari. Shunday qilib, siklofilinlar ishemiya-reperfuziya shikastlanishi paytida kardioprotektsiya jarayonida ishlashi mumkin.[9]

PPIB kabi kasalliklarni keltirib chiqaradigan viruslarning ko'payishiga va yuqishiga hissa qo'shadi OITS, gepatit C, qizamiqva gripp A. Shunday qilib, selektiv inhibitorlar bilan PPIBni terapevtik yo'naltirish virusli infektsiyalar va yallig'lanishlarga qarshi kurashda samarali bo'lishi mumkin.[7] Hozirgi kunda PPIB turli xil saraton turlari uchun biomarker sifatida ishlaydi.[14] Bundan tashqari, ikkitasi bor antigenik epitoplar (CypB84-92 va CypB91-99) HLA-A24 tomonidan cheklangan va o'smalarga xos bo'lgan tomonidan tan olingan sitotoksik T limfotsitlar saraton kasalligi sifatida ishlatilishi mumkin vaksinalarva aslida davolash uchun ishlatilgan o'pka saratoni klinik sinovda.[9]

Bakterial PPIB

Ikkalasida ham PPIB aniqlangan Gram-manfiy bakteriyalar va Gram-musbat bakteriyalar hujayra ichidagi oqsil sifatida. Yilda Escherichia coli, PPIB ikkalasiga ham ega ekanligini ko'rsatdi PPIase faoliyati va Chaperone (oqsil) faoliyat.[19] Yilda Staphylococcus aureus, PPIB ning PPIase faolligi borligi va uni qayta to'ldirishda bevosita yordam berishi ko'rsatilgan Stafilokok nukleazi.[20] Ushbu bakteriyalardan tashqari, PPIB aniqlangan Brucella abortus, Tuberkulyoz mikobakteriyasi, Bacillus subtilis va boshqa bakteriyalar.[21][22][23]

O'zaro aloqalar

PPIB ko'rsatildi o'zaro ta'sir qilish bilan:

Adabiyotlar

  1. ^ a b v GRCh38: Ensembl relizi 89: ENSG00000166794 - Ansambl, 2017 yil may
  2. ^ a b v GRCm38: Ensembl relizi 89: ENSMUSG00000032383 - Ansambl, 2017 yil may
  3. ^ "Human PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
  4. ^ "Sichqoncha PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
  5. ^ Narx ER, Zydovskiy LD, Jin MJ, Beyker CH, McKeon FD, Walsh CT (1991 yil aprel). "Inson siklophilin B: ikkinchi siklofilin geni peptidil-prolil izomerazasini signal ketma-ketligi bilan kodlaydi". Proc Natl Acad Sci U S A. 88 (5): 1903–7. Bibcode:1991 yil PNAS ... 88.1903P. doi:10.1073 / pnas.88.5.1903. PMC 51134. PMID 2000394.
  6. ^ a b Kazui T, Inoue N, Yamada O, Komatsu S (Yanvar 1992). "Aorta kamarining anevrizmalari uchun operatsiya vaqtida tanlangan miya perfuziyasi: qayta baholash". Ko'krak qafasi jarrohligi yilnomasi. 53 (1): 109–14. doi:10.1016 / 0003-4975 (92) 90767-x. PMID 1530810.
  7. ^ a b v Hoffmann H, Schiene-Fischer C (Iyul 2014). "Hujayradan tashqari siklofilinlarning funktsional jihatlari". Biologik kimyo. 395 (7–8): 721–35. doi:10.1515 / hsz-2014-0125. PMID 24713575.
  8. ^ a b v Vang T, Yun CH, Gu SY, Chang WR, Liang DC (avgust 2005). "1.88 hCyP33 C domenining kristalli tuzilishi: peptidil-prolil sis-trans izomerazasining yangi sohasi". Biokimyoviy va biofizik tadqiqotlar bo'yicha aloqa. 333 (3): 845–9. doi:10.1016 / j.bbrc.2005.06.006. PMID 15963461.
  9. ^ a b v d e f g h Yao Q, Li M, Yang X, Chay X, Fisher V, Chen S (2005 yil mart). "Tsiklofilinlarning saraton va boshqa organ tizimlaridagi rollari". Jahon jarrohlik jurnali. 29 (3): 276–80. doi:10.1007 / s00268-004-7812-7. PMID 15706440.
  10. ^ Göthel, S. F.; Maraxiel, M. A. (1999 yil mart). "Peptidil-prolil sis-trans izomerazalari, hamma joyda katlanadigan katalizatorlarning superfamilasi". Uyali va molekulyar hayot haqidagi fanlar. 55 (3): 423–436. doi:10.1007 / s000180050299. ISSN 1420-682X. PMID 10228556.
  11. ^ a b Kazui T, Inoue N, Yamada O, Komatsu S (Yanvar 1992). "Aorta kamarining anevrizmalari uchun operatsiya vaqtida tanlangan miya perfuziyasi: qayta baholash". Ko'krak qafasi jarrohligi yilnomasi. 53 (1): 109–14. doi:10.1016 / 0003-4975 (92) 90767-x. PMID 1530810.
  12. ^ Vang T, Yun CH, Gu SY, Chang WR, Liang DC (avgust 2005). "1.88 hCyP33 C domenining kristalli tuzilishi: peptidil-prolil sis-trans izomerazasining yangi sohasi". Biokimyoviy va biofizik tadqiqotlar bo'yicha aloqa. 333 (3): 845–9. doi:10.1016 / j.bbrc.2005.06.006. PMID 15963461.
  13. ^ a b Hoffmann H, Schiene-Fischer C (Iyul 2014). "Hujayradan tashqari siklofilinlarning funktsional jihatlari". Biologik kimyo. 395 (7–8): 721–35. doi:10.1515 / hsz-2014-0125. PMID 24713575.
  14. ^ a b Rey P, Rialon-Gevara KL, Veras E, Sullenger BA, Oq RR (may 2012). "In vitro aptamer tanlovi bilan odamning oshqozon osti bezi hujayralari sekretomlarini taqqoslash siklophilin B ni oshqozon osti bezi saratoni biomarkeri sifatida taniydi". Klinik tadqiqotlar jurnali. 122 (5): 1734–41. doi:10.1172 / JCI62385. PMC 3336995. PMID 22484812.
  15. ^ Stocki P, Chapman DC, Beach LA, Williams DB (Avgust 2014). "B va C siklofilinlarining kamayishi endoplazmatik retikulum oksidlanish-qaytarilish gomeostazining disregulyatsiyasiga olib keladi". Biologik kimyo jurnali. 289 (33): 23086–96. doi:10.1074 / jbc.M114.570911. PMC 4132807. PMID 24990953.
  16. ^ a b v d e f Kabral WA, Perdivara I, Vays M, Terajima M, Blissett AR, Chang V, Peroski JE, Makareeva EN, Mertz EL, Leykin S, Tomer KB, Kozloff KM, Eyre DR, Yamauchi M, Marini JK (iyun 2014). "Retsessiv osteogenez imperfecta siklopilin B KO sichqonchani modelida transplatsiyadan keyingi modifikatsiya va o'zaro bog'lanishning anormal turi kollagen". PLoS Genetika. 10 (6): e1004465. doi:10.1371 / journal.pgen.1004465. PMC 4072593. PMID 24968150.
  17. ^ a b v Ishikava Y, Bächinger HP (noyabr 2013). "Propol 3-gidroksilaza 1 · xaftaga bog'langan oqsil · siklopilin B: qo'pol endoplazmik retikulum oqsil kompleksining qo'shimcha funktsiyasi: CXXXC motifi in vitro disulfid izomeraza faolligini ochib beradi". Biologik kimyo jurnali. 288 (44): 31437–46. doi:10.1074 / jbc.M113.498063. PMC 3814740. PMID 24043621.
  18. ^ "Entrez Gen: PPIB peptidilprolyl izomeraz B (siklofilin B)".
  19. ^ Skagiya, Aggeliki; Vezyri, Eleni; Sigala, Markezina; Kokkinou, Areti; Karpusas, Maykl; Venieraki, Anastasiya; Katinakis, Panagiotis; Dimou, Mariya (2017 yil yanvar). "Tsiklofilin PpiB mutantlarining strukturaviy va funktsional tahlili in vivo jonli funktsiyani prolyl izomerizatsiyasi faolligi bilan cheklab qo'ymaydi". Hujayralardagi genlar: Molekulyar va uyali mexanizmlarga bag'ishlangan. 22 (1): 32–44. doi:10.1111 / gtc.12452. ISSN 1365-2443. PMID 27868330.
  20. ^ Wiemels, Richard E.; Chex, Stefani M.; Meyer, Nikki M.; Burk, Xolib A.; Vayss, Endi; Parklar, Anastasiya R.; Shou, Lindsi N.; Kerol, Ronan K. (2017-01-01). "Staphylococcus aureus ajratilgan virusli ta'sir etuvchi nukleazning katlanması va faolligi uchun hujayra ichidagi peptidil-prolil sis / trans izomeraza talab qilinadi". Bakteriologiya jurnali. 199 (1). doi:10.1128 / JB.00453-16. ISSN 1098-5530. PMC 5165095. PMID 27795319.
  21. ^ Rozet, Mara S.; Garsiya Fernandes, Lyusiya; DelVecchio, Vito G.; Briones, Gabriel (fevral, 2013). "Brucella abortusning stressga moslashishida va virusli ta'sirida hujayra ichidagi tsiklofilinlar muhim rol o'ynaydi". Infektsiya va immunitet. 81 (2): 521–530. doi:10.1128 / IAI.01125-12. ISSN 0019-9567. PMC 3553818. PMID 23230297.
  22. ^ Göthel, S. F.; Scholz, C .; Shmid, F. X .; Maraxiel, M. A. (1998-09-22). "Bacillus subtilis dan siklofilin va trigger omil in vitro protein katlamasini katalizlaydi va ochlik sharoitida hayot uchun zarurdir". Biokimyo. 37 (38): 13392–13399. doi:10.1021 / bi981253w. ISSN 0006-2960. PMID 9748346.
  23. ^ Pandey, Saurabx; Sharma, Ashish; Tripati, Deeksha; Kumar, Ashutosh; Xubayb, Mohd; Bxuan, Manish; Chaudxuri, Tapan Kumar; Hasnain, Seyed Ehtesham; Ehtesham, Nasreen Zafar (2016-03-16). "Mycobacterium tuberculosis Peptidil-Prolil izomerazalari, shuningdek, Chaperone-ni In-Vitro va In-Vivo faolligi kabi namoyish etadi". PLOS ONE. 11 (3): e0150288. Bibcode:2016PLoSO..1150288P. doi:10.1371 / journal.pone.0150288. ISSN 1932-6203. PMC 4794191. PMID 26981873.
  24. ^ Chjan J, Xerskovits H (2003 yil fevral). "Bachadonga tushgan lipidlangan apolipoprotein B endoplazmik retikulum molekulyar chaperonlar, GRP94, ERp72, BiP, kalretikulin va siklofilin B tarmog'i bilan bog'liqligi bilan tekshirilib, to'liq bo'lmagan buklangan oraliq sifatida Goljiga etkaziladi".. J. Biol. Kimyoviy. 278 (9): 7459–68. doi:10.1074 / jbc.M207976200. PMID 12397072.

Qo'shimcha o'qish

Tashqi havolalar

  • Da mavjud bo'lgan barcha tarkibiy ma'lumotlarga umumiy nuqtai PDB uchun UniProt: P23284 (Peptidil-prolil cis-trans izomeraz B) da PDBe-KB.