Das Helix-Bündel (Englisch: Helix-Bündel) ist ein kleiner Klappelement in Proteinen bestehend aus einer Reihe von Alpha-Helices parallel oder antiparallel zueinander ausgerichtet.
Dreiteilige Helix-Bündel sind relativ klein und leicht zu falten.[1] Dieses Helixbündel kommt zum Beispiel im Protein schurkisch; es ist nur 36 Aminosäuren lang und aufgrund seiner schnellen Faltung ein wichtiger Forschungsgegenstand in der Molekulardynamik.[2][3] Auch einer der HIVProteine (40 Aminosäuren) haben eine ähnliche Faltung.[4] Es gibt kein allgemeines Sequenzmotiv bekannt, dass sie mit Drei-Helix-Bündeln assoziiert sind, so dass diese Helix-Bündel nicht allein aus der Sequenz vorhergesagt werden können. Drei-Helix-Bündel sind in Aktin-bindenden Proteinen und in DNA-bindenden Proteinen üblich.
Es gibt auch vierteilige Helixbündel, in denen vier α-Helices eine Tertiärstruktur bilden. Beispiele für diese Helixbündel sind Cytochrome, Ferritine, Zytokinine und einige Hormone.[5]
Quellen
- ↑(und) Wickström, L., Okur, A. et al. (2006). Der entfaltete Zustand der helikalen Subdomäne des Villin-Kopfstücks: Computerstudien zur Rolle der lokal stabilisierten Struktur. J Mol Biol360 (5): 1094–107.. PMID: 16797585. PMC: 4805113 DOI:10.1016/j.jmb.2006.04.070.
- ↑(und) Duan, Y, Kolman PA. (1998). Wege zu einem Proteinfaltungsintermediat, beobachtet in einer 1-Mikrosekunden-Simulation in wässriger Lösung. Wissenschaft282 (5389): 740–4.. PMID: 9784131 DOI:10.1126/science.282.5389.740.
- ↑(und) Jayachandran, G, Vishal V, Pande USA. (2006). Mit massiv paralleler Simulation und Markovaschen Modellen zur Untersuchung der Proteinfaltung: Untersuchung der Dynamik des Villin-Kopfstücks. J Chem Physik124 (16). PMID: 16674165 DOI:10.1063/1.2186317.
- ↑(und) Herges, T, Wenzel W. (2005). In-silico-Faltung eines Drei-Helix-Proteins und Charakterisierung seiner freien Energielandschaft in einem Kraftfeld aus allen Atomen. Phys Rev Lett94 (1). PMID: 15698135 DOI:10.1103/PhysRevLett.94.018101.
- ↑(und) Branden C, Tooze J. (1999). Einführung in die Proteinstruktur 2. Aufl. Garland Publishing: New York, NY.
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